В 1995 г. по инициативе патриарха Московского и всея Руси Алексия II (Ридигера) при поддержке мэра Москвы Юрия Михайловича Лужкова, а затем президента РАН академика Юрия Сергеевича Осипова Макариевская премия была возрождена (официальное название  -- премия памяти митрополита Московского и Коломенского Макария (Булгакова)). Для проведения конкурса на соискание премии был учреждён Фонд по премиям памяти митрополита Московского и Коломенского Макария (Булгакова). К 2016 г. учредителями фонда являются Патриарх Московский и всея Руси Кирилл (Гундяев), президент РАН академик Владимир Евгеньевич Фортов (ныне Геннадий Яковлевич Красников) и мэр Москвы Сергей Семёнович Собянин, председателем фонда – Ташкентский и Узбекистанский митрополит Викентий (Морарь). Премии присуждаются Комитетом по премиям, членами которого являются учредители, председатель фонда митрополит Ташкентский и Узбекистанский Викентий (Морарь), митрополит Истринский Арсений (Епифанов), ректор МГУ имени Михаила Васильевича Ломоносова академик РАН Виктор Антонович Садовничий, президент исторического факультета МГУ имени Михаила Васильевича Ломоносова академик РАН Сергей Павлович Карпов, руководитель ЦНЦ «Православная энциклопедия» Сергей Леонидович Кравец. Премии вручаются раз в два года по шести номинациям в области исторических знаний. Работы соискателей рассматриваются Экспертным советом фонда, в который входят 18 учёных. К рецензированию привлекаются ведущие специалисты – историки и религиоведы. Решение совета утверждается Комитетом по премиям. Первым председателем Экспертного совета был историк член-корреспондент РАН Ярослав Николаевич Щапов. Первым председателем фонда был митрополит Воронежский и Липецкий Мефодий (Немцов). За 1997–2015 гг. лауреатами Макариевской премии стали 174 соискателя. Среди награждённых Андрей Леонидович Баталов (1999 г.), Александр Юрьевич Бендин (2013 г.), Николай Сергеевич Борисов (1999 г.), Евгений Михайлович Верещагин (2001 г.), игумен Дамаскин (Орловский, 1997 г.), митрополит Иларион (Алфеев, 2005 г.), митрополит Климент (Капалин, 2009 г.), Борис Михайлович Клосс (1999 г.), архимандрит Макарий (Веретенников, 1997 г.), член-корреспондент РАН Игорь Павлович Медведев (2005 г.), Александр Васильевич Назаренко (2001 г.), Мария Владимировна Нащокина (2003 г.), Пётр Георгиевич Паламарчук (1997 г.), Ольга Сигизмундовна Попова (2015 г.), протоиерей Владимир Устинович Сорокин (2007 г.), академик РАН и НАН Украины Пётр Петрович Толочко (2013 г.), член-корреспондент РАН Борис Николаевич Флоря (1997, 2001 гг.), Александр Леонович Хосроев (2005 г.), протоиерей Владислав Александрович Цыпин (1997, 1999 гг.), Михаил Витальевич Шкаровский (2005 г.), советник РАН Сигурд Оттович Шмидт (2003 г.) и др.