По завещанию Макария, премию за учебники, которую он первоначально требовал отменить после своей кончины, нужно было оставить. В соответствии с разработанными правилами Синод стал присуждать премии с 1884 г. по чётным годам, Академия Наук начала присуждать премии с 1885 г. и по нечётным годам. Премия за учебники для духовных учебных заведений выдавалась ежегодно. Синодом были награждены Сергей Алексеевич Белокуров (1894 г.), Александр Петрович Голубцов (1894 г.), Николай Никанорович Глубоковский (1892 г.), Александр Павлович Доброклонский (1886, 1892 гг.), иеромонах Никон (Рождественский; 1888 г.) и многие другие. Среди удостоенных премией Академия Наук были историки Дмитрий Фёдорович Масловский (1887 г.), Александр Фомич Петрушевский (1903 г.), Георгий Васильевич Форстен (1895 г.), литературовед Матвей Никанорович Розанов (1907, 1913 гг.), географ-путешественник Иван Васильевич Мушкетов (1887, 1893 г.), физики Эрнст Егорович Лейст (1893, 1899, 1905 г.), Николай Александрович Булгаков (1905 г.), гидролог адмирал Степан Осипович Макаров (1887, 1893 гг.), специалисты в области сельского хозяйства Василий Васильевич Докучаев (1885 г.), Алексей Сергеевич Ермолов (1893 г.), Сергей Николаевич Алфераки (1905 г.) и многие другие. Последнее присуждение академических премий состоялось в 1919 г., синодальных – в 1917 г. В 1869 г. Макарий пожертвовал Киевской духовной академии 25 тыс. руб. в связи с её 50-летним юбилеем (со времени преобразования в 1819 г.). Согласно завещанию Макария, после его смерти на проценты с этого капитала была учреждена ежегодная юбилейная премия его имени. Также после кончины Макария стало известно, что он пожертвовал на духовные школы ещё 125 тыс. руб., в том числе духовному училищу в Белгороде отводилось 15 тыс. руб., Курской духовной семинарии – 20 тыс. руб. Данные суммы по завещанию необходимо было положить в банки, а на проценты предполагалось учредить возможное (в зависимости от процентов) количество премий имени Макария для сирот и детей бедных священнослужителей и псаломщиков. Оставшиеся 90 тыс. руб. направлялись на учреждение премий имени Макария за лучшие сочинения наставникам и воспитанникам четырёх духовных академий: Санкт-Петербургской духовной академии и Киевской духовной академии – по 25 тыс. руб., Московской духовной академии и Казанской духовной академии – по 20 тыс. руб. Таким образом, с 1880 гг. в каждой духовной академии существовала Макариевская премия. Всего Макарий пожертвовал на премии своего имени 270 тыс. руб., причём эти средства достались ему не по наследству, а были заработаны кропотливым ежедневным научно-литературным трудом.