До середины XVI в. память о Мстиславе Андреевиче была связана исключительно с его принадлежностью к правящей династии. Он упоминался в ранних списках и родословцах русских князей летописной редакции, сохранившихся в составе «Новгородской Четвёртой Летописи», Летописного свода 1418 г., Новгородско-Софийского свода 1430 гг., Белорусско-Литовского свода 1520–1530 гг. и др. («Полное собрание русских летописей», том 4, часть 1; том 6, выпуск 1; том 17, том 27 и др.). После кончины имя Мстислава Андреевича было записано для поминания в синодик владимирского Успенского собора, синодики других соборов и монастырей Владимирской епархии. Этот ранний источник не сохранился, но его древнейшая часть с поминанием Мстислава Андреевича позже была переписана при создании соборных синодиков других городов Северо-Восточной Руси (есть в составе помянника нижегородского Печерского в честь Вознесения Господня мужского монастыря под киноварным заголовком «Великые кн(я)зи Владимерскиє и их кн(я)гини и дети» – Синодик Нижегородского Вознесенского Печерского монастыря 1552 г., Синодик опальных царя Иоанна Грозного. Нижний Новгород, 2009 г.; список 1556 г.). Мстислав Андреевич как «благоверный князь Мстислав Боголюбский» упомянут в синодике Нижегородского Благовещенского монастыря (Нижегородская государственная областная универсальная научная библиотека имени В.И. Ленина, список начала 1630 гг.). В грамоте царя Ивана IV Васильевича Грозного клирикам владимирского Успенского собора, которую Александр Викторович Маштафаров датирует 1547 г. – началом 1550 гг., излагался порядок поминания почивающих во Владимире мощей святителей, князей, княгинь и их детей (один из ныне утраченных списков грамоты был известен ещё в середине XIX в., он хранился в Успенском соборе). По владимиро-суздальским князьям и членам их семей предписывалось служить такие же панихиды, как по удельным князьям в Москве. Восстанавливая активное поминание своих предков, неоднократно и удачно воевавших с Волжской Булгарией, Иван IV Васильевич надеялся на помощь общерусских и местночтимых святых в покорении Казанского ханства. После взятия Казани (1552 г.) была составлена «Выписка о панихидах». В ней отмечалось, что среди лиц, по которым служили панихиды, был указан Мстислав Андреевич. Согласно описи владимирских гробниц первой половины XVII в., на левой стороне Успенского собора («в болшой церкви») «лежит князь великий Михайло да великаго князя Андрея Боголюбскаго три сыны: Изяслав, Мстислав, Глеб» (Российская национальная библиотека, список 1640 гг.). Однако в некоторых рукописях этого времени среди погребённых лиц имя Мстислава Андреевича было пропущено (Российская национальная библиотека, список 1640 гг.). Вместе со старшим братом князем Изяславом Андреевичем он также не был упомянут в «Описании во граде Владимире, где положены святые мощи в Соборной церкви» (Российская национальная библиотека, список 1680 гг.).