Феофил раздал всё своё имущество, оставив только свитку и мантию, и с того времени проводил время в постоянном пощении, молитве и плаче, так что тело его сильно иссохло, а очи ослепли. О времени своей кончины Марк узнал заранее и сообщил о скорой смерти Феофилу, который просил забрать его с собой или даровать ему прозрение. Макр отвечал, чтобы тот прежде всего просил у Господа виде́ния Его славы и жизни вечной. Тело Марка было погребено в том месте, которое он сам для себя ископал в пещере. После кончины духовного наставника Феофил много лет провёл в слёзной молитве, сокрушаясь о своих грехах. Слёзы он собирал в сосуд, который наполнил доверху. Перед кончиной Феофилу явился ангел («некто красен») со словами, что Господу особенно угодна та молитва монаха, во время которой его слёзы упали на землю или были стёрты с лица, и указал на другой сосуд с благоухающим как миро содержимым. После этого ангел возвестил Феофилу о скорой кончине и исчез. Монах же поведал о явлении игумену, показав оба сосуда. На третий день Феофил преставился и был положен в пещере близ Марка. Время жизни Марка исследователи относят ко второй половине XI – началу XII в. На это указывают слова монаха Поликарпа, что «при сем (Марке) изнесен бысть святый отець нашь Феодосие от печеры в святую и великую церковь»; перенесение мощей печерского игумена преподобного Феодосия в Успенский собор обители в «Повести временных лет…» датируется 14 августа 1091 г. Встречающаяся в литературе датировка преставления Марка 1102 г. источниками не подтверждается. Согласно данным проведённых в 1980–1990 гг. комплексных медико-антропологических исследований мощей киево-печерских святых, Марк преставился в возрасте 35–40 лет, время его жизни относится к XII–XIII вв., что подтверждает данные агиографии. При этом исследования показали, что останки, которые считаются мощами Феофила и Иоанна, принадлежат людям, жившим в XIII–XIV вв. Мощи Феофила и Иоанна почивают в одной раке рядом с гробницей Марка. Мощи Марка были прославлены чудотворением. Особая чудотворная сила приписывалась кресту, который, по монастырскому преданию, принадлежал святому. Крест (место хранения – Национальный Киево-Печерский историко-культурный заповедник) изготовлен из меди (размер – 23,3×14,8×2,77 см) и представляет собой реликварий, от которого сохранилась лишь корпусная часть креста (с боковыми стенками). Оригинальная верхняя часть креста, представлявшая собой пластину, до настоящего времени не сохранилась (существующая ныне была изготовлена в XVII в.).