Полностью провести в жизнь такие установления оказалось невозможным. Находившийся в Речи Посполитой протосинкелл и экзарх Константинопольского патриарха Никифор дал Львовскому и Перемышльскому епископам полномочия окормлять православных на всей территории страны. Никифор в 1597 г. был арестован по обвинению в шпионаже и умер в тюрьме. Местоблюститель Константинопольского патриаршего престола Мелетий Пигас назначил экзархами патриаршего престола Львовского епископа Гедеона (Балабана), архимандрит Кирилла Лукариса и князя К.К. Острожского. В имениях православных магнатов и шляхтичей продолжали совершать православные богослужения. Православные полемические тексты, направленные против униатов, печатались не только в Острожской типографии, но и в типографиях Вильно и Кракова. На сейме 1597 г. в защиту православных выступили киевские и волынские послы при поддержке протестантов; было выдвинуто требование лишить сана епископов, принявших унию. На сейме 1598 г. волынские послы потребовали вызвать на сеймовый суд главных инициаторов унии – Ипатия (Потея) и Кирилла (Терлецкого). Решение вопроса было отложено до возвращения Сигизмунда III из Швеции. В сложившихся условиях стал обсуждаться вопрос о сотрудничестве православных и протестантов в борьбе с экспансией католицизма. В мае 1599 г. в Вильно состоялась встреча представителей трёх протестантских вероисповеданий с православными духовными лицами во главе с Исаакием (Борисковичем), игуменом монастыря в Дубно. Шли переговоры о политическом сотрудничестве. Так провозглашение унии привело к глубокому внутреннему кризису в жизни православной Киевской митрополии. В работе православного Собора в Бресте приняли участие клирики из митрополичьей епархии архимандрит Киево-Печерского монастыря Никифор (Тур), архимандрит супрасльского в честь Благовещения Пресвятой Богородицы монастыря Иларион (Мосальский), архимандрит Лавришевского монастыря Михаил, послы «от всего виленского крилоса» и от Виленского братства, протопопы из Слуцка и Волковыска. Таким образом, при установлении унии в его епархии Михаил столкнулся с серьёзными трудностями. Священники виленских храмов были вынуждены подчиниться Михаилу, однако его не признавало Виленское братство. Братский Свято-Духовский храм был построен на частной земле, и Михаил не мог его закрыть. В 1598 г. жители Слуцка отказались повиноваться митрополичьему наместнику и бросали камни в Михаила, когда он приехал в город. Горожан обложили крупным штрафом. Не подчинился Михаилу Супрасльский монастырь. Совсем неблагоприятным было положение на юге митрополичьей области. Население Киева отказывалось подчиняться Михаилу, опираясь на поддержку киевского воеводы князя К.К. Острожского. Не удались и попытки передать под власть Михаила Киево-Печерский монастырь. Соответствующие решения и распоряжения натолкнулись на сопротивление братии, которой покровительствовали жители Киева и казаки. Киевский земский суд поддерживал власти монастыря в их споре с митрополитом. Михаил пытался собрать в свою пользу доходы с некоторых печерских имений в Великого княжества Литовского, но архимандрит Никифор (Тур) лично прибыл туда и выгнал слуг митрополита. Начинался кризис, до полного развития которого Михаил не дожил.