В начале 1590 гг. в Киевской митрополии пытались провести реформы для устранения недостатков церковной жизни. Соборы, принимавшие решения о реформах, собирались под председательством Михаила. О целях, которые преследовал Михаил, исследователи не могут узнать из каких-либо его записок и меморандумов. Исследователи судят об этом по его действиям и реакции на них современников. К началу 1590 гг. в жизни православного общества увеличилась роль братств. Союзы мирян стали важными центрами просвещения и образования, некоторые братства получили от патриарха Иеремии II Траноса широкую автономию. В Виленское православное Свято-Духовское братство был вписан ряд представителей литовской знати – патронов Михаила, поддерживавших тесные контакты с Львовским братством. Митрополия представляла собой во второй половине XVI в. довольно слабое в организационном отношении единство, в котором епископы пользовались фактически полной самостоятельностью. По мнению исследователей, Михаил рассчитывал подчинить епископов своей власти, опираясь на поддержку братств. Особое его внимание привлекала Львовская епархия, созданная в конце 1530 гг. как епархия неполноправная, подчинённая власти митрополита, однако Львовские епископы второй половины XVI в. (выходцы из местной знатной шляхты) с этими установлениями не считались. В декабре 1589 г. Михаил в адресованной Львовскому братству грамоте не только подтвердил права братчиков на монастырь святого Онуфрия, но и обещал посетить Львов «для дозрения порадку церковного и всих справ духовных». В той же грамоте было отмечено, что «сам епископ Лвовскии есть дворным владыкою нашим». В последующих грамотах митрополит сообщил об отправке во Львов священника для братской церкви, разрешил проповедовать в городе только «дидаскалам» из братства, запретил открывать во Львове школы помимо братской. В июне 1590 г. к этому добавились отлучения от церкви тех львовских мещан, которые выступили против братства вместе с епископом. В июне 1590 г. в Бресте был созван Собор (см. в ст. Брестские соборы), в работе которого участвовали епископы, большое число духовных лиц и знатные миряне (среди них – брестский каштелян Адам Львович Тышкович (см. Ипатий Потей)). Собор принял ряд важных постановлений. Так, было решено ежегодно созывать в Бресте Соборы с участием большого числа духовных лиц. На Соборе в 1591 г. следовало обсудить вопросы «о школах, о науках, о шпиталях». За неявку на Собор устанавливались штрафы, при повторной неявке без важной причины епископ мог быть смещён с кафедры. В этой особенности решений явно проявилось стремление Михаила усилить свою власть над епископами. 22 июня на Соборе были подтверждены права Львовского братства, враждебные действия епископа Гедеона (Балабана) Собор «вечне отсудил под запрещением непрощеным». Одновременно было определено, что священники для братской церкви поставляются митрополитом. Желая закрепить завоёванные позиции, Михаил в январе 1591 г. посетил Львов, где устроил суд над мещанами, выступавшими против братства, и запретил епископу вмешиваться в дела братчиков «под запрещением непрощенным и низвержением сана святительского». В мае 1591 г. Михаил получил решение патриаршего Синода, давшего ему право низложить епископа Гедеона (Балабана), если обвинения против того подтвердятся.