6 февраля 1592 г. Львовское братство обратилось с посланием к Александрийскому патриарху Мелетию I (Пигасу). Называя Собор «безстудствующем позорищем», братчики призывали патриарха приехать: «...Прииди и заступи стадо, люте от душетлеющих волков расхищаемо». О своём обращении к патриарху Мелетию I (Пигасу) братство сообщило Михаилу 24 февраля 1592 г. 7 сентября братчики просили патриарха Иеремию II Траноса прислать своего экзарха, чтобы созвать Собор для суда над недостойными епископами. Всё это вряд ли могло устроить Михаила, тем более что и он наряду с другими архиереями стал объектом критики: его обвиняли в том, что он поставил епископом человека, имеющего жену и детей (Михаила (Копыстенского)). Так обозначались опасности, которые мог принести Михаилу курс на поддержку и усиление братств. Эти опасности ещё чётче проявились на Соборе 1594 г. На Собор прибыли только два иерарха – новый Владимиро-Волынский епископ Ипатий (Потей) и Кирилл (Терлецкий) – свидетельство явного ослабления позиций митрополита в рядах епископата. Вместе с тем на Собор приехали настоятели многих монастырей, священники, делегации различных братств. Послы Виленского братства привезли инструкции, подписанные литовскими знатными лицами во главе с Фёдором Ивановичем Скуминым-Тышкевичем, новогрудским воеводой. Инструкции предусматривали создание братств в центре каждого повета и исключительное право братств на устройство школ. Церковные книги должны были печатать Виленское и Львовское братства, а средства на это должны были давать епископы, но о какой-либо цензуре со стороны архиереев не упоминалось. Выбор новых епископов должен был производиться при участии духовенства и с согласия светских людей. Наконец, в инструкциях специально говорилось о патриаршем экзархе. Собор не принял эти предложения. В его решениях подчёркивалось, что братские священники должны подчиняться власти своих иерархов, а книги должны издаваться с ведома соответствующих архиереев. По мнению исследователей, к этому времени Михаил должен был уяснить, к каким опасностям для его власти и власти епископов могло привести сотрудничество с братствами и их влиятельными светскими патронами. С серьёзными трудностями столкнулся Михаил, когда попытался подчинить своей власти Львовскую епархию. Против не подчинявшегося его решениям епископа Гедеона (Балабана) был возбуждён судебный процесс. На Соборе 1593 г. Гедеон (Балабан) был запрещён в служении, а на Соборе 1594 г. (где отсутствовали большинство епископов) был лишён сана. Однако добиться выполнения этих решений Михаил был не в состоянии. В 1592 г. епископ Гедеон (Балабан) при помощи Тырновского митрополита Дионисия (Ралли-Палеолога) изготовил фальсификат грамоты патриарха Иеремии II Траноса с предписанием отрешить Михаила от власти, преступления митрополита должны были расследовать епископы Владимиро-Волынский, Луцкий и Львовский, однако подлог скоро был разоблачён. Одновременно в нарушение канонов и решений Соборов епископ Гедеон (Балабан) передал свой спор с братством на рассмотрение королевского суда. Суд вынес решение, благоприятное для епископа, констатировав, что декреты и решения Константинопольского патриарха не могут иметь силы в Речи Посполитой. Попытки Михаила добиться признания особой церковной юрисдикции оказались безрезультатными.