Не один Михаил испытывал подобные опасения. Записи апостольского нунция о совещаниях в сентябре 1595 г., на которых решался вопрос о поездке Ипатия (Потея) и Кирилла (Терлецкого) в Рим для заключения унии, показывают, что ряд участников предлагали отложить поездку и созвать Собор православных для обсуждения вопроса об унии. Эта точка зрения была отвергнута. Михаил в этих совещаниях не участвовал, его взгляды не были учтены, и он был вынужден подчиниться принятому решению. Образовавшийся временной промежуток после отъезда Ипатия (Потея) и Кирилла (Терлецкого) в Рим Михаил использовал для расправы с враждебным ему проповедником Стефаном Зизанием. В январе 1596 г. он созвал в Новогрудке небольшой Собор, где в отсутствие обвиняемого Стефан Зизаний был осуждён за еретические взгляды в опубликованном им в 1595 г. «Катехизисе». Хотя Стефан Зизаний действительно допустил в своей книге ошибки, осуждён он был явно за выступления против Михаила. Одновременно были запрещены в служении священники Виленского братства Василий и Герасим. Одним из главных результатов поездки Ипатия (Потея) и Кирилла (Терлецкого) в Рим стало провозглашение в Риме 23 декабря 1595 г. унии двух церквей (см. в ст. Брестская уния). Подготовленные Михаилом и епископами условия унии (32 артикула) при этом не обсуждались и не упоминались. Характер отношений в будущем определяла конституция папы Климента VIII от 23 декабря 1595 г. В ней с рядом важных оговорок разрешалось сохранять традиционные для Киевской митрополии обряды и церемонии, если они «не противоречат истине и учению католической Церкви». С этим Михаилу и епископам, нуждавшимся в поддержке королевской власти и католической церкви в борьбе с непокорной паствой, пришлось примириться. В послании Климента VIII к Михаилу от 7 февраля 1596 г. предписывалось созвать поместный Собор для торжественного провозглашения унии. С возвращением Ипатия (Потея) и Кирилла (Терлецкого) в начале мая 1596 г. началась подготовка к созыву такого Собора в Бресте в октябре того же года. Работу Собора возглавил Михаил (сведений о каких-либо самостоятельных действиях митрополита во время подготовки Собора и его проведения не сохранилось). Православные противники унии выдвинули ряд условий для проведения Собора и, когда их предложения были отклонены, приступили к организации собственного Собора. Противники унии собрались в Бресте в те же дни, когда там находились участники Собора приверженцев унии. Раскол получил оформление в двух одновременно появившихся 9 октября 1596 г. документах. Православный Собор предал анафеме и низложил епископов, принявших унию, и потребовал разрешения избрать нового митрополита и епископов. Униатский Собор низложил православных епископов и других духовных лиц, не принявших унию, и предал их анафеме. Государственная власть стала в этом конфликте на сторону униатов. В универсале от 15 декабря 1596 г. король Сигизмунд III признал униатского митрополита и епископов единственными законными пастырями, призывая население подчиниться им, а с православными не иметь общения.