Тот же документ давал ему право низложить епископа, в епархии которого служат священники-двоеженцы. К октябрю 1591 г. относится сообщение о вступлении Михаила в Виленское братство вместе с рядом сенаторов и шляхтичей. В конце октября 1591 г. в Бресте заседал новый Собор с участием епископов, большого числа духовных лиц, а также «панов светских, зацных и шляхты». Решения Собора были направлены на утверждение определённой автономии церкви перед лицом светской власти и на укрепление церковной дисциплины. В случае смерти епископа или митрополита Собор епископов должен был предложить королю четырёх кандидатов для занятия кафедры. Человека, выбранного иным образом, митрополит не должен посвящать, а клирошане – передавать ему имущество кафедры. Также и епископ не должен рукополагать человека, «которыи бы собе церковь купил от мирские власти» «под зверженьем от стану епископского». Епископ должен посвящать кандидата, которого выберут прихожане и рекомендует протопоп. Следовало также добиваться у короля освобождения монастырей от опеки светских лиц, особенно «иноверных». Устанавливалось также, что священники в случае споров между собой не должны обращаться «до врядов свецких». Был определён порядок установления наказаний и разбора жалоб. Верховным органом для их разбора должен был стать Собор. Ряд постановлений был связан с развитием книгопечатания и образования. Епископы должны создавать в епархиях школы и собирать деньги на издание «церковных книг». Для издания книг была создана комиссия во главе с Луцким епископом Кириллом (Терлецким). Деятельность Львовского и Виленского братств получила одобрение, но было сказано, чтобы они на будущее «без воле и благословения пастырей своих ничого не становили и книг новых з вымыслов своих не друковали». Так, при участии Михаила была разработана программа реформ церковной жизни, которая, как представляется исследователям, отвечала его интересам: деятельность братств приветствовалась, но вводилась в определённые рамки, усиливались роль и значение епископата, но на епископов при этом возлагались важные обязанности, за исполнением которых должен был наблюдать митрополит, а это усиливало его роль как главы всей церковной организации и председателя Соборов. Не менялись и планы относительно Львовской епархии: Львовское братство должно было подчиняться «пастырю», но таким пастырем был для него не Львовский епископ, а митрополит. В решениях Собора от 26–27 октября 1591 г. устанавливалась опека митрополита над Львовским братством, и содержалось весьма важное постановление: «Братства же Лъвовскаго чин по всех епископиях в епархии митрополии Киевской и Галицкой единонравно в всех местех при церквах быти ухваляемо и благословляемо». При проведении в жизнь намеченной программы Михаил столкнулся с рядом серьёзных трудностей. Братства (в частности, Львовское) не были удовлетворены итогами работы Собора. Они видели, что епископы продолжают вести привычный полусветский образ жизни и не торопятся тратить средства на основание школ и типографий, поэтому и появились планы добиться устранения недостойных епископов при помощи восточных патриархов.