Идеальным государем М.В. Ломоносов считал императора Петра I и говорил, что, «ежели человека, Богу подобного, по нашему понятию, найти надобно, кроме Петра Великого не обретаю». 1 ноября 1761 г. М.В. Ломоносов направил И.И. Шувалову записку «О сохранении и размножении российского народа» (опубликована с большими цензурными сокращениями в 1819 г., полностью издана в 1871 г.), в которой много внимания уделил религиозным обычаям русского народа и духовенству и, в частности, в резкой критической форме изобразил пьянство на масленицу и Пасху и назвал «душегубцами» священников, следующих обычаю в зимнее время крестить младенцев холодной водой. Здесь же М.В. Ломоносов внёс ряд предложений об изменении уставов Русской церкви. Он предложил разрешить мирянам четвёртый и пятый браки («по примеру других христианских народов») и второй брак для священников и диаконов, запретить постриг мужчинам до 50 лет, а женщинам – до 45, а также перенести Пасху и Великий пост на другое время. По мнению М.В. Ломоносова, масленицу следовало перенести на май, тогда «Великий пост был бы в полной весне и в начале лета, а Св[ятая] неделя около Петрова дня». Существующие церковные устав и календарь М.В. Ломоносов объяснял климатическими условиями Средиземноморья и считал возможным изменить их для Русской церкви. Он отдавал себе отчёт в том, что «исправлению сего недостатка ужасные обстоят препятствия», но указывал на успех решительных действий императора Петра I (в том числе церковной реформы) и заметил, что «российский народ гибок». В 1761 г. М.В. Ломоносов написал «Примечания об обязанностях духовенства» (опубликовано в 1859 г.). Исходя из мысли, что «Святейшего Синода и всего духовенства не одна только должность, чтобы Богу молиться..., но и обучать страху Божию и честным нравам словом и примером», М.В. Ломоносов настаивал на том, чтобы в обязательном порядке обучать священников риторике, строго следить за их «честным житием», а также поручить им и другим членам причта обучение детей грамоте «за общую плату всего прихода». После воцарения императрицы Екатерины II и отъезда И.И. Шувалова за границу влияние М.В. Ломоносова на всё, что происходило в Академии Наук, уменьшилось, 28 июля 1762 г. он даже попросил об отставке. 2 мая 1763 г. императрица Екатерина II подписала указ о его «вечной от службы отставке», но уже 13 мая отозвала этот указ. 15 декабря 1763 г. она пожаловала М.В. Ломоносову чин статского советника, а 7 июля 1764 г. посетила его дома и имела с ним продолжительную беседу. Рассчитывая на новую встречу с императрицей, М.В. Ломоносов в марте 1765 г. составил план беседы (опубликован в 1840 г.), в частности, собираясь сказать следующее: «За то терплю, что стараюсь защитить труды П[етра] В[еликого], чтобы выучились россияне, чтобы показали достоинство… Я не тужу о смерти: пожил, потерпел и знаю, что обо мне дети отчества пожалеют». С 4 марта 1765 г. М.В. Ломоносов, будучи тяжелобольным, не выходил из дома, но участвовал в административной работе Академии Наук. По свидетельству Якоба Штелина, перед смертью сказал: «Жалею только, что покидаю недовершённым то, что задумал я для пользы отечества, для приращения наук и восстановления упавших дел академических: оно умрёт со мною». М.В. Ломоносов скончался во время соборования на второй день после Пасхи, в понедельник Светлой седмицы, накануне причастившись. Об этом сообщал чиновник Академии Наук Иоганн Каспар Тауберт (1717–1771 гг.) в письме Г.Ф. Миллеру от 8 апреля 1765 г.: «За два дня до своей кончины... причащался и испустил дух во время совершения над ним обряда соборования, после прощания в полном разуме как с своею женою и дочерью, так и с прочими присутствующими». М.В. Ломоносов похоронен на Лазаревском кладбище Александро-Невской лавры. В отпевании и погребении, проходивших при большом стечении народа, участвовали Санкт-Петербургский и Ревельский архиепископ Гавриил (Кременецкий), архиереи, члены Синода и Сената.