Так, распоряжение Синода от 16 сентября 1756 г. запретить печатание переведённого Николаем Никитичем Поповским (1730–1760 гг.), учеником М.В. Ломоносова, «Опыта о человеке» английского поэта Александра Поупа (1688–1744 гг.) подвигло М.В. Ломоносова сочинить скандальный «Гимн бороде» (опубликован в 1859 г.), который разошёлся в анонимных списках и был воспринят как оскорбление духовенства (исследователи полагают, что М.В. Ломоносов подразумевал кого-то персонально: среди предполагаемых кандидатур архиепископ Сильвестр (Кулябка) и архиепископ Димитрий (Сеченов)). Приглашённый в Синод для объяснений, М.В. Ломоносов наговорил грубостей и невольно обнаружил своё авторство. 6 марта 1757 г. Синод направил императрице Елизавете Петровне доклад «Об уничтожении чрез палача пасквильных стихов, под названием: “Гимн бороде”», в котором просил её дать указ «истребить и публично сжечь» эти стихи, а М.В. Ломоносова «для надлежащего в том увещания и исправления, в Синод отослать». Императрица не ответила, зато появился второй «пасквиль» – сатира на архиереев «Гимн бороде за суд» (автором, как полагают исследователи, был уже не М.В. Ломоносов). Также по случаю проповеди архимандрита Гедеона (Криновского), в которой косвенно порицалась неназванная «Риторика» М.В. Ломоносова, он в 1759 г. сочинил эпиграмму «К Пахомию». Однако, как полагают исследователи, эти случаи свидетельствуют не об антиклерикальной настроенности М.В. Ломоносова, а о его крутом нраве и неразборчивости в средствах полемики. На практике М.В. Ломоносов был озабочен не тем, чтобы защитить свободу естественнонаучных исследований, а тем, чтобы повысить их статус и авторитет в России. На публичных собраниях Академии Наук он выступал с речами, предназначенными для не имеющих специальных знаний слушателей и «украшенными» по всем правилам торжественного красноречия. Это были «Слово о пользе Химии» (1751 г.), «Слово о явлениях воздушных, от электрической силы происходящих» (1753 г.), «Слово о происхождении света, новую теорию о цветах представляющее» (1756 г.), «Слово о рождении металлов от трясения Земли» (1757 г.). В них М.В. Ломоносов не только популяризировал свои научные идеи и открытия, но и как оратор внушал мысли о государственной и нравственной пользе наук, об учёных занятиях как форме служения Богу, окружал их ореолом святости: «Испытание натуры трудно, слушатели, однако приятно, полезно, свято… Чем глубже до самых причин толь чудных дел проницает рассуждение, тем яснее показывается непостижимый всего бытия Строитель» («Слово о происхождении света…»); «Толкователи и проповедники Священного Писания показывают путь к добродетели… Астрономы открывают храм Божеской силы и великолепия… Обои обще удостоверяют нас не токмо о бытии Божием, но и о несказанных к нам Его благодеяниях» («Явление Венеры на Солнце…»). Таким образом, апология науки у М.В. Ломоносова оказывается апологией веры в Бога как Творца, Управителя и Благотворителя вселенной, хотя вопросов христианской догматики в естественнонаучных сочинениях М.В. Ломоносов практически не касался (единственное исключение – «Явление Венеры на Солнце…», где М.В. Ломоносов попытался примирить идею «множества миров» с учением о Боговоплощении и Искуплении, подчеркнув при этом, что «христианская вера стоит непреложно»).