Главные предметы обучения – Закон Божий, чтение на церковнославянском и русском языках и церковное пение. В большинстве инородческих приходов были хоры из мальчиков и девочек, которые прекрасно исполняли песнопения на церковнославянском, татарском и чувашском языках не только за богослужениями, но и во время бесед со школьниками и с их родителями. В 1899 г. в Оренбургской епархии были крещены из казахов 16 человек, из башкир – 32 и из татар – 21, в том числе две женщины. К 1901 г. в Киргизской духовной миссии были образованы Уральский стан и ещё три миссионерских прихода в посёлках Борисовско-Романовском, Владимирском и Михайловском Кустанайского уезда Тургайской области. Назначенные туда священники имели миссионерское образование. В 1901 г. в Киргизской духовной миссии служили 16 священников, два иеромонаха, пять диаконов, шесть псаломщиков, пять «церковников», 38 учителей и восемь учительниц. При 13 школах миссионерского благочиния Тургайской области проводились народные религиозно-нравственные чтения, было четыре приходских миссионерских братства, общество трезвости, четыре миссионерские школы с интернатами. В 1901 г. Синод разрешил открыть миссионерский стан Оренбургской епархии в селении при Преображенском заводе Орского уезда, но подходящих зданий не оказалось, и стан был временно учреждён при оренбургском Богодуховском монастыре, где были свободные дачные помещения. В конце сентября того же года в стане открылась миссионерская школа, в которую из разных уездов Оренбургской губернии были приняты 17 ногайских (крещено-татарских) и десять русских мальчиков. Смешанный состав учеников способствовал усвоению русского языка инородческими детьми. Все ученики содержались за государственный счёт. Кроме того, в десяти нагайбакских приходах служили семь нагайбакских иереев и четыре русских священника, их миссия была успешной среди нагайбаков-мусульман. Таким образом, сфера деятельности Киргизской духовной миссии постепенно распространилась и на татарское население Оренбургской губернии. Христианскому просвещению местного населения содействовали четыре миссионерские и двадцать других школ. В 1901 г. в этих школах обучались 948 мальчиков и 617 девочек. В 1902 г. в Киргизской духовной миссии Оренбургской епархии действовали четыре стана, им помогали 12 соседних приходов, общий состав миссии превышал 80 человек. Работали 45 школ (2090 учащихся, в том числе 112 детей киргизов и татар). В четырёх миссионерских школах были интернаты, аульная Убаганская школа, шесть русско-киргизских заимковых (смешанного типа, особенно полезных, по мнению епископа Оренбургского) и 49 церковноприходских школ, в которых обучались в общей сложности 1867 русских и 144 инородца. В отчёте за 1902 г. сообщалось, что в Тургайской области были открыты четыре начальные школы, в Макарьевском стане из новокрещёных образовался особый посёлок (116 жителей); отмечалось сильное влияние татар-мусульман. Киргизская духовная миссия была закрыта в ходе антирелигиозной кампании. В 1921 г. имущество миссии было передано Благовещенскому храму города Семипалатинска.