В ответ И.А. Вельяминов объяснил, что «при таковых домогательствах Киргиз было бы... весьма неосторожно, под каким бы то ни было предлогом, допустить пребывание архимандрита Макария в Кокчетавском округе..., где одно появление его без сомнения произвело бы уже в подозрительных Киргизах весьма неприятное впечатление; и сколько бы поведение его ни было осторожно, но уверить их, что он прибыл туда для одного только богослужения между христианами, весьма было бы трудно...». Не получив разрешения проповедовать киргизам, иеромонах Макарий (Глухарёв) отправился на Алтай, в Бийский округ Томской губернии, к кочевым калмыкам. Запрет И.А. Вельяминова на деятельность миссионеров дал возможность усилить проповедь ислама среди местных татар-мусульман. Вскоре уже во всех городах и укреплениях Киргизской степи открылись мечети и училища, чуть ли не в каждом ауле появились муллы и учителя Корана и татарской грамоты, «разумеется, не столь образованно-индифферентные и веротерпимые, как мы (имеются в виду православные)». После такой политики, проводимой почти 30 лет, прибывшим православным миссионерам местные жители объясняли, что они «уже опоздали с обращением Киргизов» в христианство. В 1880 г. викарий Томской епархии Бийский епископ Владимир (Петров) совершил поездку по Семипалатинскому, Усть-Каменогорскому уездам и соседним с ними частям Бийского округа с целью собрать сведения о количестве местных жителей и склонности их к православию, а также найти подходящее место для опорного пункта миссии. Вскоре он ходатайствовал перед Синодом и Православным миссионерским обществом о разрешении открыть особую миссию для киргизов и выделить на неё средства. В середине 1881 г. было получено разрешение Синода учредить противомусульманскую миссию для киргизов. В её составе предполагался миссионер, псаломщик и переводчик. Миссия должна была существовать на средства Миссионерского общества и подчиняться начальнику Алтайской духовной миссии. Миссионеры должны были не только проповедовать христианство, но и противодействовать возраставшему исламскому влиянию. Перед новой миссией открылось широкое поле деятельности. Только в двух уездах, Семипалатинском и Усть-Каменогорском, насчитывалось около 200 тыс. некрещёных, а во всей Семипалатинской области – около 500 тыс. киргизов, в соседней, Акмолинской области – около 350 тыс., в Семиреченской и Сырдарьинской областях – несколько сот тыс. человек. В сентябре 1882 г. епископ Владимир (Петров) назначил первым миссионером алтайского священника Филарета Синьковского (впоследствии архиепископ Донской Владимир), его помощником – новокрещёного А. Холуева. Священник поселился в Усть-Каменогорске, в начале 1883 г. переехал в Семипалатинск и, наконец, 11 декабря того же года – в казачий посёлок Буконь (Буконский), в 20 верстах от города Кокпекты. Для новокрещёных он перевёл и опубликовал «Первоначальные сведения о православной вере», Евангелие от Матфея и некоторые молитвы. В 1884 г. Киргизская духовная миссия состояла из священника, псаломщика и переводчика. Центром миссии стал посёлок Буконь, где проживали русские православные казаки.