По словам священника Филарета Синьковского, «буконские казаки, усердные к церкви и отлично владеющие киргизским языком, способны содействовать распространению христианства между киргизами». Он заботился о христианском просвещении самих казаков, «по воскресным дням... вёл беседы, усердно посещаемые буконцами; последствием их является значительный запрос на книги Священного Писания». Поздней осенью миссионер переезжал в зимовки Зайсанского приставства, где беседовал на религиозные темы с местными жителями. В 1884 г. приняли крещение 13 человек. В 1885 г. «в Буконской школе, состоящей в казачьем ведомстве и имеющей от казачьяго начальства учителя, члены миссии участвуют в преподавании Закона Божия и обучении детей старшаго отделения первоначальному пению и церковно-славянскому чтению». В 1885 г. крестились 11 человек. Одной из важнейших задач миссионеров был перевод на язык киргизов Священного Писания и основных молитв. К 1885 г. были переведены несколько частей из Евангелия и книга «Апостол», читаемых при совершении таинства крещения, Символ веры и молитвы перед причастием. Исходя из специфики работы миссии в исламской среде, перевели молитвы из чина «О приходящих ко св. Церкви из магометанства». Кроме того, были переведены «Огласительное поучение для готовящихся принять Крещение» и Житие великомученика Евстафия Плакиды. К 1893 г. было полностью переведено Евангелие. Серьёзным затруднением в работе Киргизской духовной миссии был недостаток пахотной земли у местного населения. Многие из новокрещёных, вернувшись в окружение соплеменников-язычников, постепенно возвращались и к прежнему образу жизни. Необходимо было создать отдельные поселения для новокрещёных. С этой целью в 1885 г. по ходатайству миссии Степной генерал-губернатор Герасим Алексеевич Колпаковский распорядился отвести для них 600 десятин земли близ посёлка Буконского, в ведомстве Зайсанского приставства. В 1886 г. помещения Алтайской миссии сильно пострадали при пожаре, что отразилось и на зависимой от неё Киргизской духовной миссии. В 1889 г. был учреждён второй стан миссии в станице Алтайской, и обязанности миссионера легли на местного приходского священника. В том же году в Православное миссионерское общество поступила просьба сотрудников миссии о выделении необходимых средств на учреждение четырёх или, в крайнем случае, трёх станов: в Семипалатинском и Усть-Каменогорском уездах Семипалатинской области и в Забайкальской области. Число крещёных в 1889 г. составило 23 человека. Особо отмечено было крещение семьи из пяти человек. В 1890 г. афонские монахи прислали в Киргизскую духовную миссию икону великомученика Пантелеимона с частицей его мощей. О торжественной встрече святыни и глубоком благотворном влиянии её на духовную жизнь местного населения священник Филарет Синьковский подробно рассказал в своих «Записках…». 21 ноября того же года он был пострижен в монашество с именем Владимир, возведён в сан игумена, в мае 1891 г. – в сан архимандрита. 26 июня архимандрит Владимир был назначен и 18 августа хиротонисан во епископа Бийского, викария Томской епархии, одновременно получив должность начальника Алтайской и Киргизской миссий.