При миссии действовали девять школ, в которых обучались 272 ребёнка (207 мальчиков и 65 девочек). В Центральном и Преображенском станах открыли приюты для инородческих детей. В 1899 г. были крещены три язычника и 63 мусульманина, причём больше всего крещений совершено в Центральном (7) и Большенарымском (12) станах. В 1890 гг. епископ Владимир (Петров) с сожалением замечал, что только спустя 50 лет осуществилось желание архимандрита Макария (Глухарёва) открыть православную миссию среди киргизов. «Опасения оказались совершенно напрасными, вся степь знает миссионеров, киргизы охотно принимают их, и не только принимают, но и слушают и ежегодно крестятся. В десятилетний период существования миссии окрещено уже около 200 человек... А 50 лет тому назад, передают старожилы, киргизы целыми волостями желали принять православие». В 1901 г. в девяти станах Киргизской духовной миссии служили начальник миссии в сане архимандрита, четыре иеромонаха, четыре священника, четыре диакона, рясофорный монах, шесть псаломщиков и шесть переводчиков; действовали 11 церквей и молитвенных домов. Православную паству Киргизской духовной миссии составляли 4633 человека, в том числе русских – 4121 человек, инородцев – 512 человек, крестился 61 человек. В школах при миссии обучалось 357 детей, при некоторых станах были приюты для детей новокрещёных и приходские попечительства, оказывавшие значительную помощь бедным, число которых в 1901 г. возросло. К 1902 г. ситуация в епархиях ухудшилась из-за того, что не хватало пахотных земель и пятый год подряд был неурожай, голод и безработица, скот вымирал из-за отсутствия корма, и владельцы стад разорялись. Миссионеры пытались помочь нуждающимся: раздавали запасы продовольствия, покупали хлеб на ссуду, взятую в Семипалатинском областном правлении. После Пасхи усть-нарымские новокрещёные засеяли хлебом до 100 десятин земли, но всходы уничтожили черви, с трудом удалось вновь засеять 50 десятин. По-прежнему самый больной вопрос миссии заключался в отсутствии земли у новокрещёных. Из-за недостатка пропитания им приходилось работать на своих некрещёных сородичей и терпеть от них притеснения и насмешки. Немногим лучше было положение в Буконском и Усть-Нарымском станах, где у новокрещёных была собственная земля. В Долонском стане земельный участок находился в 80 верстах от Долони, но там не было воды. Тяжёлое положение новокрещёных усугублялось враждебным отношением казаков, которым было удобнее эксплуатировать мусульман-киргизов, чем крещёных местных жителей. Миссионерский съезд ходатайствовал о перенесении станов из этих поселков, «в других станах крещёные пользовались сочувствием казачьяго населения». Так, например, вдова есаула М.И. Баранова пожертвовала Татарскому стану 635 десятин земли. В 1902 г. в штате Киргизской духовной миссии было 21 человек, население в девяти станах составляло 6091 человек, в том числе 892 инородца; действовали 11 церквей и молитвенных домов. К православию присоединились из мусульман 42 человека мужского и 24 – женского пола, из старообрядцев – пять мужчин и четыре женщины, из иудеев – четверо мужчин, из лютеран – одна женщина. Из девяти школ четыре содержались на средства миссии и пять – на средства Сибирского казачьего войска.