В этот же период встал вопрос о пенсиях и об увеличении жалованья миссионерам, а также о ведении ими путевых дневников, «чтобы возможно было знать, соответствуют ли труды миссионеров получаемому ими вознаграждению». С 1895 г. Киргизская духовная миссия окончательно стала самостоятельной и подчинялась только Омскому епископату. Теперь её деятельность распространилась на Семипалатинскую и Акмолинскую области. Центр миссии переместился в Семипалатинск, в район, называемый Заречная слободка, где был открыт стан с домом для начальника миссии, церковью, домом со службами для членов миссии и двумя избами для новокрещёных. В Семипалатинской области действовали Центральный в Заречной слободке Семипалатинска, Буконский, Большенарымский, Долонский, Шульбинский, Баянаульский и Бельагачский станы; в Акмолинской области – Татарский, Атбасарский и Александровский станы. Значительно расширился и личный состав миссии: в 1896–1897 гг. было 26 сотрудников, в том числе архимандрит (начальник миссии), восемь священников, два диакона, девять псаломщиков, пять переводчиков и фельдшер. За 1896 г. количество новокрещёных составило 64 человека, в 1897 г. – 46 человек. Вся православная паства миссии состояла из 2853 человек, в том числе русских – 2503, инородцев – 350 человек. Сотрудники миссии по-прежнему уделяли много внимания обучению и христианскому воспитанию детей. В 1896–1897 гг. при станах работали шесть училищ, в которых в 1896 г. обучались 162 мальчика и 41 девочка, а в 1897 г. – 145 мальчиков и 71 девочка. В ведении Киргизской духовной миссии находилось шесть храмов и молитвенных домов, строились церкви: в Заречной слободке Семипалатинска, в урочище Тумараши (Усть-Нарымское), близ Большенарымского стана миссии, в посёлках Татарском и Преображенском. В отчёте миссии сообщалось, что «селение Преображенское возникло в 1896 г. и представляет собою опыт водворения в одном месте крещёных киргизов Буконскаго стана, для которых отведён участок земли в 1000 десятин. При церкви этого селения строятся также школа, дом для миссионера и учителя. Для помещения новокрещёных на средства миссии в настоящее время выстроено 20 изб. Подобным же образом предположено устроить быт новокрещёных Больше-Нарымского стана, с водворением их в урочище Тумараши на участке земли в 1000 десятин в Алтайском горном округе...». Для новокрещёных Долонского стана был отведён участок в 1500 десятин из земель, находившихся в ведении Омской палаты государственных имуществ. Государство обещало и материальную помощь новокрещёным: 24 февраля 1897 г. было утверждено так называемое мнение Государственного совета, предписывавшее местным жителям после крещения оставить своих соседей-мусульман и поселиться в городах или селениях между христианами. Переселенцам было обещано пособие из казны. В 1899 г. Киргизская духовная миссия имела девять станов: в Семипалатинской области – Центральный в Семипалатинске, Буконский, Долонский, Большенарымский, Шульбинский и Черноярский, в Акмолинской области – Татарский, Александровский и Атбасарский. Штат Киргизской духовной миссии составляли 28 человек, в том числе архимандрит (начальник миссии), восемь миссионеров (в том числе три иеромонаха с академическим образованием и два священника, окончившие семинарию), девять псаломщиков, фельдшер (диакон), два учителя, помощник учителя и шесть переводчиков.