В 1892 г. десятилетие деятельности Киргизской духовной миссии было отмечено царствующей семьёй: проезжавшие через Омск император и цесаревич подарили «миссии дорожный миссионерский ящик, содержащий в отдельных сафьяновых футлярах: серебряные и позлащённые Святой Крест, Евангелие, дарохранительницу, крестильный ящик, кадило и священническое облачение». К середине 1892 г. в трёх станах миссии работали два миссионера. Место буконского миссионера было свободно, и этим станом руководил большенарымский миссионер. В июле 1892 г. буконским миссионером стал священник Ефрем Елисеев после специальной подготовки на противомусульманских курсах при Казанской духовной академии. Томское епархиальное начальство приняло его для служения в Киргизской духовной миссии. Священник Ефрем Елисеев опубликовал несколько научных работ, составил русско-татарский словарь и букварь для татар, перевёл на язык киргизов Евангелие от Луки. В этот период в Киргизской духовной миссии работали помощник начальника миссии иеромонах Сергий, три священника, четыре псаломщика и два переводчика (в отчёте обер-прокурора за 1892–1893 гг. упомянуто три переводчика). В 1892–1893 гг. в Киргизской духовной миссии работали уже четыре стана: Буконский, Большенарымский, Долонский и в посёлке Шульбинском. В отчёте обер-прокурора за эти годы сообщалось о 95 крестившихся. Епископ Владимир (Петров) писал о 25 принявших христианство мусульманах. Миссионер Большенарымского стана священник Стефан Борисов отмечал, что «в отчётном году... крещено нами из магометанства в Большенарымском стане 8 душ обоего пола и в Буконском – 7, всего пятнадцать». Но миссионер Буконского стана священник Ефрем Елисеев приводил в своём отчете другие данные: «Буконская новокрещенская паства увеличилась в истекшем году приобретением 13 духовных чад нашей Церкви, из которых 7 мужскаго и 6 женскаго пола». Крещены были не все изъявившие желание. Тем не менее, твёрдое намерение креститься они выразили, дав от своего имени официально засвидетельствованные подписки. В одном только Буконском стане было 18 человек, пожелавших креститься. Некоторые из новокрещёных возвращались обратно в степь. «Справедливость требует сказать, что убегали худшие из новокрещёных, которые своими настойчивыми просьбами ускорить крещение вводили в заблуждение миссионеров..., в степь влечёт их вовсе не ислам, с которым они плохо были знакомы и прежде, а привольная кочевая жизнь. Убежать же в степь, сплошь населённую мусульманами, и остаться верным христианству – значит рисковать своей жизнью», – отмечал епископ Владимир (Петров). Почти всегда крещение киргизов сопровождалось «волнениями некрещёных их сородичей и соплеменников». В 1893 г. в Зайсане даже было покушение на жизнь новокрещёного киргиза со стороны мусульманина. Постепенно решался болезненный для миссии вопрос о земле для новокрещёных: миссионеры получили от Министерства государственных имуществ участок земли в 1 тыс. десятин близ Буконского стана. К 1890 г. Киргизская духовная миссия заметно обособилась от Алтайской организации и стала собирать отдельные съезды своих сотрудников в Бийске.