Претензии на непогрешимый учительный авторитет способствуют застою богословской мысли, узаконивают некритическое восприятие традиции и актуальных решений церковной власти. Ганс Кюнг считает, что женщинам должно быть не только возвращено право активного участия во всей церковной жизни и в диаконате в соответствии с библейскими свидетельствами и практикой ранней церкви, но и предоставлен допуск к пресвитерскому рукоположению наравне с мужчинами, согласно их радикально изменившемуся социокультурному положению в современности. Протестантские церкви, сделавшие решительные шаги в этом направлении, могут служить, по мнению Ганса Кюнга, примером для реформ в Римско-католической церкви. Указывая на неотъемлемый исторический характер церкви, Ганс Кюнг предостерегает от её идентификации с Царством Божьим, ведущей к апокалиптическому утопизму и разрыву с реальностью и обществом («Dissoziation»), от платонической идеализации понятия «церковь» и гипостазирования его в надмирную сверхсущность. В противовес этому Ганс Кюнг подчёркивает важность человеческого фактора в понимании церкви, которая, будучи общиной и историческим народом Божьим, состоит из конкретных личностей и не обособлена от их действий и решений. Истинное значение церкви состоит в следовании Христу, в служении воцарению Господа в мире. Эта миссия будет успешнее, если церковь откажется от претензий на духовное господство, от представлений об эксклюзивном обладании правом на спасение и средствами освящения человечества. Ганс Кюнг не видит никакого богословского оправдания разделению церквей и выступает за их скорейшее объединение. Основанием для этого служит, по его мнению, уже существующее реальное единство во Христе через единую веру в Спасителя и Троицу, через общее Евангелие и причастие Телу Христову посредством единого крещения. Конфессиональные различия в толкованиях Священного Писания, богословских учениях и церковной практике не являются знаком разделённости, но должны рассматриваться как единство в легитимном множестве традиций. Ганс Кюнг исходит из убеждения, что кажущиеся принципиальными доктринальные разногласия могут быть сняты путём детального критического и непредвзятого историко-богословского изучения источников. Одна из его экуменических попыток в этом направлении касалась интерпретации центральной категории протестантизма – оправдания, увенчавшаяся признанием того, что она не противоречит главным положениям католической сотериологии. Разделение лежит, главным образом, в укоренившихся в послереформационную эпоху полемически заострённых и, как следствие, искажающих изначальные богословские интенции установках. Ганс Кюнг считается одним из предвестников последовавшего (без его прямого участия) в 1998–1999 гг. соглашения между лютеранами и католиками в этом вопросе. Анализируя католическое учение о папском примате в церкви с библейской и исторической точек зрения, Ганс Кюнг приходит к выводу о том, что его признание не может быть критерием определения подлинной церковности какой-либо христианской общины. Смысл первенства «Петрова преемника» заключается исключительно в пастырском служении («primatus servitii», «primatus pastoralis») единству и согласию. По мнению Ганса Кюнга, Римско-католическая церковь больна, и болезнь может стать смертельной, если церковь по-прежнему будет настаивать на монополии на истину и власть, отказываться от реформ и отгораживаться от современного просвещённого мира, если не преодолеет враждебность по отношению к инакомыслящим.