Особый резонанс получили такие темы, как рукоположение женщин, необходимость строгого соблюдения целибата для католического духовенства, папская непогрешимость. Реакцией Папского престола стала декларация Конгрегации вероучения от 24 июня 1973 г. «Mysterium ecclesiae», призванная «защитить истинное католическое учение о церкви от некоторых заблуждений современности». Наряду с обстоятельным изложением и подтверждением традиционных представлений об учительной власти и непогрешимости церкви во главе с Римским епископом в документе католическим богословам (без упоминания имени Ганса Кюнга) настоятельно рекомендовалось в ходе исследовательской работы не переходить границ церковного Предания и придерживаться Слова Божия, верно сохраняемого и раскрываемого живым учительством церкви через Римского понтифика и католических епископов. В эти годы у Ганса Кюнга возникли серьёзные богословские разногласия с Йозефом Ратцингером (папа Римский Бенедикт XVI в 2005–2013 гг.), который занял к тому времени консервативную позицию. В 1970 гг. Ганс Кюнг получил широкую известность в связи с многочисленными выступлениями с научными докладами на конференциях, участием в программах общественного телевидения и радио, в открытых дискуссиях по острым проблемам богословия и церковной жизни с представителями церковной иерархии (коллоквиум в Штутгарте в 1977 г.). В центре его научно-богословских интересов в эти годы находились доктринальные темы: христология и её духовно-практическое значение для современников, для христианско-иудейского диалога; вопросы соотношения современной европейской философской мысли (в частности, нигилизма и атеизма) и богословского знания; современное прочтение христианской эсхатологии. Посвящённые этим темам книги Ганса Кюнга «Быть христианином» («Christ sein». 1974 г.), «Существует Бог?» («Existiert Gott?», 1978 г.) и «Вечная жизнь?» («Ewiges Leben?», 1982 г.), задуманные им как трилогия, завоевали большую популярность. Деятельность Ганса Кюнга долгое время привлекала пристальное внимание оппонентов, находивших в его богословско-исторических построениях глубокие расхождения с вероучением Римско-католической церкви в основных положениях триадологии, христологии, мариологии, экклезиологии и сакраментологии. Результатом возросшего напряжения в отношениях с церковной иерархией стал отзыв у Ганса Кюнга в конце 1979 г. официального права на богословскую преподавательскую деятельность (missio canonica) недавно избранным на Римский престол папой Иоанном Павлом II, который удовлетворил таким образом соответствующее прошение Епископской конференции католических епископов Германии. Лишившись профессорской кафедры догматики на католическом факультете Тюбингенского университета, Ганс Кюнг стал в этом университете независимым профессором экуменического богословия и возглавлял Институт экуменических исследований до 1996 г. В 1980 гг. он был также приглашённым профессором нескольких университетов в США и Канаде. Этот период его деятельности ознаменован поворотом к изучению мировых религий и проблематики межрелигиозного взаимопонимания. В сотрудничестве с религиоведами Ганс Кюнг организовал цикл открытых лекций и дебатов по буддизму, индуизму, китайским религиям и исламу.