9 мая 1922 г. в ходе изъятия церковных ценностей из Курской Коренной пустыни вывезли 110 драгоценных предметов общим весом больше шести пудов, в том числе напрестольные кресты, ризы с больших и малых икон, лампады, крышки с Евангелий, митры, подсвечники, дарохранительницы. В октябре 1923 г. Курская Коренная пустынь была закрыта, братия изгнана. Некоторые из насельников подвизались в землянках невдалеке от обители, в окрестностях храма святых Иоакима и Анны села Долгого. Здесь были похоронены архимандрит Иннокентий (Гришин) и некоторые иноки. В конце 1920 гг. на территории монастыря располагалась воинская часть; братские корпуса, гостиницы переоборудовали под казармы, столовую и клуб. Были разрушены и разобраны на кирпичи все монастырские храмы, крытые сходы к источнику, два яруса и шатровый верх колокольни, на въездных вратах уничтожены навершия с крестами, разобраны часовня на месте обретения чудотворного образа и другие строения. В 1930 гг. там, где раньше возвышался храм Рождества Пресвятой Богородицы, установили фонтан, украшенный фигурами гипсовых медведей. К 1930 гг. в Курской Коренной пустыни устроили санаторий «Свобода» для туберкулёзных больных, после Великой Отечественной войны – ремесленное училище. В 1943 г. в уцелевших зданиях располагался госпиталь, а в монастырском саду оборудовали командный пункт Центрального фронта. После освобождения Курской области от фашистов в монастырских постройках располагались спецучилище, затем профтехучилище. Но паломничества к источнику при Курской Коренной пустыни не прекращались: в 1951 г. приходило 8 тыс., а в 1958 г. – уже 20 тыс. человек в год. 20 января 1959 г. исполком Свободинского райсовета принял решение «О запрещении доступа населения к родникам в бывшей Коренной пустыни». Источник засыпали бульдозерами, территорию обнесли каменной стеной. 7 августа 1989 г. Курская Коренная пустынь была возвращена Курской епархии, 15 августа состоялась первая служба (после 66 лет) на месте, где стоял Богородице-Рождественский храм. В 1991 г. Курскую Коренную пустынь посетил Патриарх Московский и всея Руси Алексий II (Ридигер), в 2007 г. – первоиерарх РПЦЗ митрополит Восточно-американский и Нью-Йоркский Лавр (Шкурла), в 2009 г. – Патриарх Московский и всея Руси Кирилл (Гундяев), в 2014 г. – Председатель Правительства РФ Дмитрий Анатольевич Медведев. К маю 2015 г. в обители проживали 43 насельника. Священноархимандрит – митрополит Курский и Рыльский, наместник – игумен Серафим (Котельников). 11 декабря 2004 г. состоялось первое заседание Попечительского совета по возрождению мужского монастыря «Коренная пустынь». К 2015 г. построены Богородице-Рождественский собор (освящён 24 сентября 2009 г. патриархом Кириллом) с правым приделом в честь Рождества св. Иоанна Предтечи (освящён 22 декабря 2011 г.), храм в честь Казанской иконы Божьей Матери (освящён 21 июля 1991 г.), устроен больничный корпус с церковью во имя великомученика Пантелеимона, восстановлены колокольня, св. врата, здания архиерейской гостиницы, игуменского корпуса, крытая галерея со сходами к источнику и храм в честь иконы Божьей Матери «Живоносный Источник» (освящён 24 сентября 2012 г.), келейный корпус. На площади перед Курской Коренной пустынью поставлен памятник, посвящённый обретению иконы Божьей Матери «Знамение» Курской Коренной (скульптор Вячеслав Михайлович Клыков). Устроен скит с домовой церковью во имя преподобного Серафима Саровского. В Курской Коренной пустыни находятся список чудотворной Коренной иконы (XIX в.; Афон), иконы Божьей Матери «Избавительница» (1863 г.; Афон) и «Скоропослушница» (конец XIX в.), икона преподобного Серафима Саровского с частицей мощей, ковчеги с частицами мощей преподобных Киево-Печерских, Оптинских старцев и других святых. Возрождена традиция совершения крестных ходов в девятую пятницу после Пасхи и в день отдания праздника Рождества Пресвятой Богородицы (25 сентября). В обители есть несколько св. источников: на месте явления чудотворной иконы; во имя Николая Чудотворца; преподобного Серафима Саровского; великомученика Пантелеимона; Казанской иконы Божьей Матери.