Позже в Курской Коренной пустыни была возведена шатровая колокольня с часами, составившая с храмом единый архитектурный ансамбль. Была обновлена церковь «Живоносного Источника», в центре которой перед алтарём находился огороженный железной решёткой колодец; в металлический чан, сооружённый для лучшего течения воды Коренного источника, верующие бросали деньги. 8 мая 1862 г. Курскую Коренную пустынь возглавил постриженик Оптиной в честь Введения во храм Пресвятой Богородицы пустыни архимандрит Иувеналий (Половцев), при котором в обители были построены различные корпуса. По приглашению архимандрита Иувеналия (Половцева) летом 1862 г. Курскую Коренную пустынь посетил архимандрит Леонид (Кавелин), составивший историческое описание пустыни. В Курскую Коренную пустынь за архимандритом Иувеналием (Половцевым) последовали девять оптинских иноков, в том числе иеромонах Христофор (Яновский), впоследствии служивший в Иерусалиме. Среди других оптинских насельников, во второй половине XIX в. подвизавшихся в Курской Коренной пустыни, – монастырский духовник иеросхимонах Александр (Яновский; 1817–1876 гг.), иеромонахи Каллист (Сергиев; род в 1825 г.), Акакий (Сергиев; род. в 1826 г.) и Иероним (Пузанов; род. в 1828 г.), монах Никодим (Скрипкин; 1831–1900 гг.), рясофорные иноки Михаил Пожидаев (род. в 1829 г.), Василий Гревцов (род. в 1830 г.), Николай Соболев (род. в 1832 г.), Даниил Сухачёв (род. в 1845 г.) и Матфей Попов. В отчёте о состоянии Курской епархии за 1862 г. епископ Сергий (Ляпидевский) писал, что архимандрит Иувеналий «с примечательным успехом проводит в жизнь братии строгие правила иноческие». В декабре 1867 г. архимандрита Иувеналия (Половцева) назначили наместником Александро-Невской лавры. К 1870 гг. в Курской Коренной пустыни были холодный Богородице-Рождественский собор с приделом св. Иоанна Предтечи, тёплая домовая Всехсвятская церковь с правым приделом Святой Троицы в трёхэтажном корпусе, церковь иконы Божьей Матери «Живоносный Источник», ограда со св. вратами, с колокольней и каменными келейными корпусами по обе стороны от неё, каменные трёхэтажный корпус с архиерейскими покоями (1828 г.), двухэтажный корпус для рухлядной и келий (1862 г.), одноэтажный корпус (бывшая трапезная) с хлебопекарней, просфорней, со свечницей и с семью кельями (1765 г.; отремонтирован в 1823 г.), больничный корпус (1837 г.), двухэтажный деревянный келейный флигель. В 1875 г. на другом холме обители, через овраг, была построена кладбищенская монастырская церковь в честь иконы Божьей Матери «Знамение». Рядом с кладбищем, в скиту, уединялись монахи-затворники. За оградой Курской Коренной пустыни были каменные трёх- и двухэтажные гостиницы, каменная баня с тремя отделениями, конный двор с двумя каменными двухэтажными флигелями, сараем, двумя каменными конюшнями, кузницей, амбарами, квасоварня, сад из плодовых деревьев, огород, пруд, пасека с постройками, часовня близ Московской дороги, кирпичный завод с двумя печами, монастырская мельница на реке Тускари, напротив села Долгого. К 1914 г. в штате обители числились архимандрит Нестор и 177 насельников (71 монах и 106 послушников).