В конце 1797 г. иеромонаху Макарию (Каменецкому) удалось добиться возвращения Курской Коренной пустыни земель и угодий, отнятых в 1764 г., в том числе леса, лугов по обеим сторонам реки Тускари и рыбных ловель, мельницу напротив села Долгого, 34 десятин земли в так называемой Богородицкой роще и др. Указом Синода от 15 января 1806 г. Коренная икона должна была оставаться в Курской Коренной пустыни с девятой пятницы после Пасхи до 12 сентября, с тем чтобы все церковные сборы в течение этого времени шли в пользу пустыни. В июне 1809 г. при содействии обер-прокурора Александра Николаевича Голицына в обитель была прислана богатая ризница «из Кабинета Его Величества». Вскоре были обновлены иконостасы, построен трёхэтажный каменный корпус для 28 насельников (1806–1814 гг.). По ходатайству игумена Макария (Каменецкого) указом Синода от 9 февраля 1804 г. штат Курской Коренной пустыни был увеличен до 30 монашествующих. В 1811 г. в Курской Коренной пустыни проживали девять иеромонахов, пять иеродиаконов, диакон, четыре монаха и 25 послушников. С 1799 г. ближайшим помощником игумена Макария (Каменецкого) был саровский постриженик духовник братии иеромонах Парфений, в 1809 г. переведённый настоятелем в Глинскую в честь Рождества Пресвятой Богородицы пустынь С 1814 г. в пустыни подвизался схимонах Иоаким (Даньшин), бывший курский купец, постриженик Святой Горы Афон, «замечательный своими похождениями». После кончины игумена Макария (погребён под папертью Богородице-Рождественского собора) настоятелем служил игумен Палладий (Белевцев), при котором в 1816 г. Курская Коренная пустынь была возведена в степень третьего класса с управлением архимандритами. 4 января 1819 г. в северо-восточной части Курской Коренной пустыни была освящена четвёртая церковь во имя Всех святых с братской трапезной и кельями, заложенная ещё в 1797 г. К 1830 гг. заработал монастырский кирпичный завод, производивший 300 тыс. кирпичей в год. Мельница у села Долгого обеспечивала братию мукой. В 1825 г. монастырю отошёл по завещанию двор купца Гладкова в городе Курске, который стал подворьем. В 1832–1835 гг., при архимандрите Паисии, были построены крытые с окнами величественные каменные сходы от верхней площадки монастыря к церкви «Живоносного Источника»; в храме в 1839 г. поставлен новый иконостас. По свидетельству очевидцев, каменные сходы придавали Курской Коренной пустыни необычайно красивый вид, напоминая галереи афонских монастырей и Ближних и Дальних пещер Киево-Печерской лавры. 1 июля 1852 г. по проекту, выбранному курским помещиком графом Петром Андреевичем Клейнмихелем, был заложен собор в честь Рождества Пресвятой Богородицы; 15 мая 1860 г. архиепископом Курским и Белгородским Илиодором (Чистяковым) освящён придел во имя св. Иоанна Предтечи, а 5 июля – весь храм. Шатровый центральный купол окружали четыре шатровые главки. Из прежнего храма в собор был перенесён резной двухъярусный иконостас, покрытый червонным золотом. Слева и справа от царских врат были поставлены две золочёные резные сени – для Коренной иконы и местночтимого Казанского образа Божьей Матери, прославившегося чудотворениями.