В ноябре 1767 г. игумен Исаия (Илляшевич) подал в Синод прошение: «В 1765 году на конюшенном дворе осталась всего одна рабочая лошадь: рогатый скот, за неимением чем кормить его, с отобранием пастбищ, был продан, в монастыре не было ни одного послушника, и некому было сторожить церковного имущества, тогда как вокруг монастыря не существовало никакой ограды». Когда между Знаменским монастырём и Курской Коренной пустынью возникли разногласия о доходах с кружечных и иных сборов от молебнов перед Коренной иконой, епископ Порфирий (Крайский) распорядился делить доходы пополам. В 1767 г., во время традиционного крестного хода, вновь произошла ссора из-за этих пожертвований. Последовал Высочайший указ о запрещении крестных ходов в Курской Коренной пустыни, инициированный, как полагают исследователи, обер-прокурором Синода графом Иваном Ивановичем Мелиссино. Лишь в 1791 г., при строителе (1780–1792 гг.) иеромонахе Авдии (Туранском; ум. в 1807 г.), крестные ходы возобновились: в 1790 г. курские граждане во главе с городским головой купцом Иваном Илларионовичем Голиковым обратились к императрице Екатерине II с прошением о возобновлении крестных ходов и получили Высочайшее разрешение. В июне 1791 г. состоялся первый после возобновления крестный ход в Курской Коренной пустыни. В апреле 1792 г. в Синод поступило ещё одно прошение. Отмечая, что в торжестве участвовало несколько тысяч паломников, не только местных, но и «из Москвы, Санкт-Петербурга, Киева, великороссийских, малороссийских и греческих городов, Валахии, Крыма, Польши и прочих стран», граждане Курска жаловались: соборные богослужения, молебны и акафисты в пустыни совершаются «с крайним небрежением». Горожане просили «учредить общежительство» в Курской Коренной пустыни по подобию «Саровской пустыни и определить в настоятели из монашествующих оной» иеромонаха Никандра. 20 октября 1792 г. Синод назначил настоятелем Курской Коренной пустыни саровского иеромонаха Илария, с ним в обитель прибыли иеродиакон Парфений и два послушника. Но из пяти насельников Курской Коренной пустыни лишь иеромонах Протерий пожелал остаться в общежительном монастыре, все другие выпросили разрешение о переводе в Белгород. По инициативе старца Илария в Богородице-Рождественском соборе был упразднён ветхий трапезный придел св. Иоанна Предтечи, в котором устроены хлебня и квасоварня, а под бывшей трапезной 18 ноября 1793 г. освящена зимняя церковь во имя преподобных Антония и Феодосия Киево-Печерских; при св. вратах за оградой возведены два гостиных двора (1793 г.) и новый конюшенный двор (1793 г.), устроена пасека. В конце 1795 г. иеромонах Иларий «по крайнему с преклонностию лет изнеможению» вернулся в Саровскую пустынь. В 1795–1799 гг. в Курской Коренной пустыни настоятельствовал иеромонах Софроний. С 1799 г. Курскую Коренную пустынь возглавлял иеромонах (с 1806 г. – игумен) Макарий (Каменецкий; ум. в 1815 г.), прежде служивший трапезарием в санкт-петербургской Александро-Невской в честь Святой Троицы лавре. Личные связи в столице, в том числе с Санкт-Петербургским архиепископом Гавриилом (Кременецким), помогли ему в деле возрождения пустыни.