Согласно выписи (1617 г.) Ивана Васильевича Волынского, в Курской Коренной пустыни стояло четыре кельи, проживали старец Иов (Тебышев), «да вкладчик поп вдовый Михайла, да вкладчик Кирсан Уколов, да вкладчик Сергей Константинов, да вкладчик Филипп Овчинов». В 1621 г. упомянуты старцы Илия, Феодосий, Иринарх и Лупа, а на монастырском дворе – белый священник Михаил, в 1630 г. – десять старцев в трёх кельях, в 1667 г. – четыре монаха. В «Пустынском монастырьке» хранились древний список Курской-Коренной иконы в сребропозлащённом окладе, кресты с мощами. Согласно «Сказанию о граде Курске...», в 1642 г. князь Пётр Дмитриевич Пожарский, проезжавший в Москву через Курск, почувствовал в Курской Коренной пустыни дивное благоухание. По описи, составленной в 1667 г., при игумене Никодиме, в «Пустынском монастырьке» стояла Богородице-Рождественская церковь «клецки», крытая тёсом. В убранстве упомянуты Деисус из семи икон «на празелени», местный образ Божьей Матери «Знамение» в киоте, «осьмилистовой... поля обложены серебром басманным, у того Богородицы образа венец, да гривна басманная же, у гривны на медном тягле крест серебряный позолоченный, 256 копеек позлачены, два алтынника литовских деньга татарская позлачены же». Среди других построек были кельи, в том числе гостиная у ворот, хлебня, крытая соломой, погреб, житница, конюшня. На месте явления чудотворной иконы был устроен колодец, «обруб дубовый с мостом, на нём решётка, покрыт лубьём, всё ветхо». При игумене Никодиме Коренную икону посылали на Дон для благословения донских казачьих войск и сбора милостыни в пользу строительства в пустыни каменного храма. В 1684 г. от царей Ивана и Петра Алексеевичей в Курскую Коренную пустынь был прислан список Коренной иконы в серебряном позолоченном окладе. В переписных книгах 1701 г. стольника М.Т. Тулубьева перечислены насельники Курской Коренной пустыни: строитель иеромонах Рувим, монахи Карион, Феофан, Варлаам, Зосима, «хлебенный Иосиф, чашник Андроник, ключник Иона». Таким образом, устав Курской Коренной пустыни был, как полагают исследователи, близок к общежительному. Братию возглавляли, в основном, иеромонахи-строители. В 1703 г. на средства состоятельного (из дворян) монаха Боголепа (Сухочева) на месте деревянной была возведена каменная Богородице-Рождественская церковь («подобием шатра об одной деревянной крашенной ярью главе, на которой утвержден железный, позлащенный променистый [с сиянием] с железными цепями крест»). В трапезе был освящён придел во имя св. Иоанна Предтечи. С запада к церкви примыкала паперть «о четырёх каменных столбах». Церковь украшали резной позолоченный четырёхъярусный иконостас, паникадило «о 16 люстрах, при нём яблоки в серебряной оправе и кисть большая шелковая с золотом и серебром». На колокольне при трапезной висели девять колоколов, часы. В 1708 г. на средства монаха Иоанна (Алаторцова) в Курской Коренной пустыни были построены каменные врата и надвратная двухпрестольная церковь в честь Преображения Господня и во имя архангела Михаила. По обеим сторонам св. врат располагались два крыла двухэтажного корпуса с погребами.