Строительство каменной церкви в честь иконы Божьей Матери «Живоносный Источник» (1713–1714 гг.) над колодцем (местом обретения Коренной иконы) связано с именем полководца графа Бориса Петровича Шереметева. По дороге из Малороссии в Москву Б.П. Шереметев посетил Курскую Коренную пустынь и пожелал воздвигнуть над источником храм, выделив необходимые средства и поставив своего смотрителя для наблюдения за работами. Храм имел «шатровый верх об одной главе», один из антиминсов освятил 3 мая 1752 г. епископ Белгородский Иоасаф (Горленко). От храма до верхней площадки обители к Богородице-Рождественскому собору протянули крытый ход с тёсовой крышей и дубовой лестницей (длиной 68 м), «украшенный живописными изображениями разных обстоятельств, сопровождавших явление чудотворной иконы Божьей Матери». К тому же времени исследователи относят упоминания об иконописцах «для церковной работы» и о двух гончарных избах на территории монастыря. В обители были братские келии, ледники, каменные хлебня и поварня, амбары, конюшенные дворы и другие хозяйственные службы, большой монастырский сад рядом с обителью. По описи 1765 г., составленной игуменом Исаией (Илляшевичем), в ризнице Курской Коренной пустыни хранилось несколько серебряных крестов, в том числе чеканный («с рукоятием восточнаго хрусталя шлифованным») с вложенными частицами мощей апостола Андрея Первозванного, праведного Лазаря Четверодневного, первомученика архидиакона Стефана, священномученика Игнатия Богоносца, великомучеников Георгия Победоносца, Феодора Тирона, Прокопия, Меркурия, преподобных Антония Великого, Ефрема Сирина, Михаила Малеина, и наперсный крест с частицами мощей апостолов Марка, Андрея Первозванного, Варнавы, равноапостольного царя Константина, священномученика Игнатия Богоносца, великомучеников Пантелеимона, Евстафия Плакиды, Феодора Стратилата, первомученика архидиакона Стефана и др., несколько серебряных чеканных потиров XVII–XVIII вв., две серебряные кадильницы, богато украшенные Евангелия (1697, 1717, 1759, 1760 гг.), два Апостола (1684 и 1719 гг.), три Часослова, в том числе 1658 г. По указу 1764 г. епископа Белгородского и Обоянского Порфирия (Крайского) Курская Коренная пустынь была исключена из ведения курского Знаменского монастыря и стала самостоятельной заштатной с семью монашествующими. В 1765 г. в обители проживало 12 человек. При этом у Курской Коренной пустыни были отобраны Богородицкая роща, луга, сады, огороды, мельница, пчельник, все постройки, примыкавшие к ограде, в том числе гостиные дома. Об упадке монастырского хозяйства свидетельствует опись, составленная в 1765 г. настоятелем (1765–1771 гг.) игуменом Исаией (Илляшевичем), пострижеником святителя Иоасафа: храмы обветшали, в хозяйстве «домашнего скота, езжих три лошади, все престарелые. Примечание: две пали в трудах, одна продана. Рогатого скота, старых и молодых коров, быков двухлетних и подтелков малых всех 11. Примечание: по приговору братскому, за неимением, чем кормить, 5 – проданы. Денег в казне не имеется». Игумен Исаия (Илляшевич) осуществил ремонт построек, в том числе Преображенской церкви, трапезной, келий, рассадил сад, пополнил ризницу, добился, чтобы с 1765 г. срок пребывания Коренной иконы в Курской Коренной пустыни был увеличен до двух недель.