Одновременно устанавливалось, что «зборное» не должны вносить те соборные церкви, которые были освобождены от «зборного» при митрополитах Феогносте и Алексии. Внесение в договор таких положений делало великокняжескую власть арбитром в случае споров между митрополичьей администрацией и приходским духовенством. Жалобы на светских чиновников митрополита, наместника, волостеля, десятинника должен был рассматривать великий князь. Особым постановлением запрещалось ставить в священники и диаконы великокняжеских слуг и «данных людей». Сумев возвратить кафедре её собственность и обеспечив этой собственности достаточно высокий привилегированный статус, Киприан был вынужден пойти на уступки при решении ряда других вопросов. Ряд принятых установлений давал великокняжеской власти достаточно широкие возможности для вмешательства во внутреннюю жизнь духовного сословия. Ряд действий Киприана в начале 1390 гг. был направлен на урегулирование церковной жизни в других епархиях Северо-Восточной Руси. Срочного вмешательства требовало положение в Твери, где в 1387 г. произошёл острый конфликт между великим князем Михаилом Александровичем и Тверским епископом Евфимием Висленем: великий князь «не захоте» его, и епископ удалился в один из тверских монастырей. 29 июня 1390 г. Киприан вместе с греческими митрополитами Матфеем и Никандром (с которыми он весной прибыл в Москву), а также с русскими святителями Михаилом Смоленским и Стефаном Пермским направился в Тверь, где кафедра оставалась без епископа несколько лет. Сведения о поездке сохранились в ряде летописей (наиболее ранний рассказ – в Рогожской и Симеоновской летописях) и в особой записи – бумажной вставке в пергаменный Иерусалимский устав 1438 г. из тверского Жёлтикова в честь Успения Пресвятой Богородицы мужского монастыря. Киприана принимали с большим почётом – сыновья Тверского князя встречали его на дороге в город, князь Михаил Александрович встретил митрополита в пяти верстах от города. После разбирательства с участием боярской думы и духовенства епископ Евфимий Вислень был низложен и отправлен в заточение в Чудов в честь Чуда архангела Михаила в Хонех монастырь в Московском Кремле. 24 июля Киприан поставил новым Тверским епископом своего архидиакона Арсения, который пришёл с ним из Киева (в Никоновской летописи 1520 гг. помещён особый рассказ, что из-за происходивших в городе волнений Киприан вынужден был покинуть Тверь, взяв с собой Арсения; в следующем году они вернулись в Тверь, Арсения «едва умолиша» быть здесь епископом, и он был поставлен 15 августа; эти сообщения исследователи считают результатом редакторской работы создателя Никоновской летописи). Воспользовавшись «смутой» в митрополии, новгородское вече в Великий пост 1385 г. приняло решение запретить апелляции к митрополиту, высшей судебной инстанцией должен был стать суд архиепископа вместе с четырьмя боярами и четырьмя «житьими людьми» по выбору спорящих сторон. Это соглашение было оформлено грамотой, скреплённой коллективной присягой новгородцев. Киприан не мог согласиться с таким ограничением своей власти.