К первым годам этого московского правления Киприана исследователи относят и договор (докончание) с великим князем, определявший статус митрополичьих владений и духовных лиц в Великом княжестве Московском («Акты социально-экономической истории Северо-Восточной Руси конца XIV – начала XVI вв.»). Вопрос о дате этого документа является предметом дискуссии. В течение длительного времени дата документа – 28 июня 1392 (6900) г. не вызывала сомнений у исследователей. В дальнейшем было отмечено противоречие между датой и указанным в грамоте 12-м индиктом, который в правление Киприана приходился на 1404 г. Однако содержание договора, в котором говорится о сохранении или восстановлении порядков, существовавших при митрополитах Феогносте и Алексии, не позволяет исследователям согласиться с поздней датой: исследователи полагают, что индикт указан ошибочно. Договор подтверждал права митрополичьего дома на сёла, которые и до митрополита Алексия, и при нём принадлежали кафедре. Жители этих сёл освобождались от налогов, кроме дани для уплаты «выхода» в фиксированном размере, установленном «оброчной грамотой» великого князя. Вместе с тем они должны были давать «ям по старине с шестой день». «Митрополичи люди» освобождались от уплаты тамги при торговле «домашним товаром». В то же время договор определял, что «митрополичи люди, которые живут в городе, а тянут к дворцу» должны быть обложены таким же оброком, как и другие люди, работающие в дворцовом хозяйстве. Это – первое упоминание о конфликтах вокруг налогообложения городских владений церкви и их населения, которые заняли видное место в отношении государства и церкви в последующие столетия. Подтверждались права митрополичьей кафедры на монастыри Константино-Еленинский во Владимирском уезде и Борисоглебский в Переяславском уезде и на их владения. Вся полнота судебно-административной власти над их населением должна была принадлежать игуменам. О власти митрополита в докончании ничего не сказано, по мнению исследователей, потому, что по традиции митрополит обладал всей полнотой власти над своими подданными и служилыми людьми своего двора. Их единственной обязанностью по отношению к государству было ходить на войну «под митрополичьим воеводой», и только в том случае, если на войну пойдёт великий князь. В договор были внесены и конкретные установления, касавшиеся митрополичьих владений в волостях Луховецкой и Сенежской Владимирского уезда. Здесь проводились «обыски», чтобы определить размеры этих владений. Боярам и слугам, купившим земли в Луховецкой волости, предписывалось «лести вон». Жители волости были освобождены от наложенной на них недавно обязанности ставить хоромы на дворе великого князя во Владимире. Ряд положений докончания касался положения духовных лиц на территории митрополии. Составители договора исходили из того, что митрополиту принадлежит судебно-административная власть над настоятелями монастырей, монахами и священниками. В случае жалоб мирян на церковных людей устанавливался «сместной» суд. В случае отсутствия митрополита такие дела должен был разбирать сам великий князь. Особое установление касалось определения размеров «зборного», которое следовало вносить в митрополичью казну, и взносов в пользу десятинника, а также сроков их уплаты.