Во время некоторого смягчения контроля государства над церковью после смерти Иосифа Виссарионовича Джугашвили (Сталина; 1953 г.) митрополит Николай (Ярушевич) в конце 1953 г. провёл реорганизацию благочиннических округов и вместо ранее существовавших восьми округов создал 12, объясняя А.А. Трушину этот шаг необходимостью более активной борьбы с финансовыми злоупотреблениями. Митрополит Николай (Ярушевич) дал указание благочинным чаще объезжать округа, проверять приходы, более тщательно следить за дисциплиной духовенства и докладывать о действиях настоятелей приходов. Митрополит Николай (Ярушевич) говорил, что священников, которые отказываются от исполнения обрядов на дому у верующих, не выезжают к прихожанам и не в состоянии проводить активную церковную деятельность, он не может держать на городских приходах (Центральный государственный архив Московской области). В 1954–1955 гг. в область возвращались клирики, высланные в 1948–1952 гг. Имели место аресты: в 1955 г. был арестован настоятель церкви в села Воронине Клинского района священник Димитрий Копытин, который, по данным уполномоченного, был «антисоветски настроен» (Центральный государственный архив Московской области). В 1957 г. Крутицкая митрополия уменьшилась на один приход – в селе Хитровщина Кимовского района в связи с переходом Кимовского района в состав Тульской области. В 1958 г. в Москве было 36 церквей, в Московской области – 175. В 1959 г. стали очевидными новые попытки властей ограничить деятельность церкви. По требованию властей 15 июня 1959 г. митрополит Николай (Ярушевич) разослал циркулярное письмо настоятелям, в котором запретил привлекать к участию в богослужениях лиц, не достигших 18-летнего возраста, 21 августа дал указание о недопущении треб за пределами храмов (аналогичное указание для храмов Москвы дал управляющий делами Московской патриархии протопресвитер Николай Колчицкий). В том же году были закрыты три церкви: в сёлах Сивково и Холм Можайского района, в селе Сабурове Загорского района. А.А. Трушин усилил борьбу с паломничеством к святым местам. По его требованиям было закрыто для посещения Святое озеро близ села Косина Ухтомского района, переданное птицефабрике, засыпан Глинковский источник близ Загорска, снесены часовня и поклонные кресты на св. колодцах в селе Гридино-Шувое Егорьевского района. Уполномоченный потребовал снести часовню над могилой барона Андрея Львовича (Иоганна-Андреаса) Кнопа и находившуюся при ней трёхметровую бронзовую статую Христа Спасителя на Введенском (Немецком) кладбище в Москве, которая со времени войны привлекала много паломников. Вскоре это было исполнено (полуразрушенное здание часовни сохранилось); в 1962 г. А.А. Трушин сообщал, что с паломничествами на Немецкое кладбище покончено. Также было пресечено посещение св. колодца недалеко от Тихвинской церкви в Алексеевском в Москве. На 1 января 1960 г. в Москве (до её расширения в августе 1960 г.) было 36 церквей, в области – 172. 13 января 1960 г. скончался заместитель митрополита Николая (Ярушевича) Можайский архиепископ Макарий (Даев), 2 апреля того же года во епископа Можайского был хиротонисан архимандрит Стефан (Никитин), который также стал заместителем Крутицкого митрополита.