28 мая 1945 г. по доносу лжесвященника Андрея Введенского (сына обновленческого «митрополита») были арестованы и приговорены к десяти годам лагерей за нелегальные богослужения на Ваганьковском кладбище, якобы сопровождавшиеся антисоветскими заявлениями. 28 октября 1947 г. секретариат ВКП(б) осудил деятельность СД РПЦ во главе с Г.Г. Карповым за «неправильную линию во взаимоотношениях с церковниками». Предлагалось ужесточить политику в отношении церкви, в частности, усилить контроль за деятельностью епископата и рядового духовенства. Столичный регион первым ощутил на себе изменение правительственного курса. В конце 1947 г. подвергся аресту протодиакон Иоанн Буравцев из села Алтуфьева Краснополянского района и безместный священник Михаил Семёнов из Москвы, им обоим за нахождение на оккупированной территории приписали коллаборационизм (Государственный архив Российской Федерации). В городе Узловая (ныне в Тульской области) в 1947 г. был привлечён к уголовной ответственности заштатный священник Глаголев, совершавший нелегальные богослужения. С 1947 г. А.А. Трушин всё чаще снимал клириков с регистрации за мелкие нарушения, требовал от митрополита Николая (Ярушевича) перемещать наиболее деятельных священников с городских на сельские приходы. С 1948 г. в Центральной России почти все ходатайства общин об открытии церквей отклонялись местными уполномоченными. В 1948 г. А.А. Трушин получил 121 заявление об открытии 18 церквей, ни одно из них не было удовлетворено. В сентябре 1948 г. вышло постановление ЦК ВКП(б) «О мерах по усилению антирелигиозной пропаганды». В июне 1949 г. А.А. Трушин писал Г.Г. Карпову, что в Московской области нарушается закон от 8 апреля 1929 г. в той его части, которая регулирует проведение молебнов и крестных ходов. Активизировалась борьба с паломничеством к св. местам. При поддержке Г.Г. Карпова А.А. Трушин в 1948–1951 гг. практиковал административное выселение клириков, ранее судимых по политическим статьям. Таких клириков на 1 октября 1948 г. насчитывалось 96 человек (23 – в Москве и 73 – в Московской области), кроме того, 20 клириков раньше находились на оккупированной территории. Первые высылки прошли в конце 1948 г.: из Московской области были выдворены иеромонах Вениамин (Городков) и иеродиакон Иосиф (Евсеенок). В письме от 13 апреля 1949 г. Г.Г. Карпов одобрил эти меры и предупредил А.А. Трушина, чтобы они не выглядели как кампания депортаций, всё должно было происходить якобы по инициативе милиции, а не уполномоченного (Центральный государственный архив Московской области). В ряде случаев за высылаемых клириков вступались патриархия и митрополит Николай (Ярушевич). 12 ноября 1949 г. А.А. Трушин писал начальнику Московского УВД, что он просит оставить в Московской области ранее внесённого в списки депортируемых священника Виктора Бордоноса, настоятеля церкви в Коломенском, «в виде исключения, так как за него ходатайствовала Московская Патриархия» (Центральный государственный архив Московской области). В 1948 г. возобновились аресты священников Московской епархии.