Были арестованы священник Виктор Жуков из Измайлова, священник Димитрий Введенский, настоятель Всехсвятской церкви на Соколе (управляющий делами Украинского экзархата в 1944–1945 гг., был приглашён митрополитом Николаем (Ярушевичем) из Киева в Москву, т.к. имел академическое образование), священник Александр Оборин, который раньше был настоятелем прихода в селе Б. Семёновское Талдомского района. Первые двое были приговорены к ссылке в Красноярский край, священник А. Оборин за публичную критику нового наступления властей на церковь был приговорён к заключению в исправительно-трудовом лагере на десять лет. В октябре 1948 г. арестованы трое псаломщиков епархии, слушатели Московской духовной семинарии: Алексей Никольский, Николай Шахов и Сергей Трясоруков, их в апреле 1949 г. за критику антирелигиозной кампании приговорили к десяти годам заключения. К началу 1949 г. были зарегистрированы 158 священнослужителей в Москве (четыре архиерея, 105 священников, 41 диакон и восемь псаломщиков) и 312 – в Московской области (245 священников, 58 диаконов и девять псаломщиков). В 1949–1950 гг. число клириков уменьшилось в результате арестов и высылок. В 1949 г. были арестованы: священник Павел Максимов из храма иконы Божьей Матери «Нечаянная Радость» в Марьиной Роще, священник Николай Харьюзов из села Загорнова Раменского района, архимандрит Вениамин (Милов), диакон Прокопий Бараев. Священник Н. Харьюзов был приговорён к десяти годам лагерей, остальных отправили на спецпоселение. В 1949 г. 20 священников были высланы из Московской области «в целях соблюдения паспортного режима». В 1950 г. подверглись аресту священник Иоанн Крестьянкин, заштатный священник Иоанн Мельцов, диакон Александр Чарский из деревни Ванилово Виноградовского района (А.А. Трушин обвинил диакона Александра в том, что он организовал «массовое распространение заявлений об открытии церквей» на имя различных советских деятелей). Священник Иоанн Крестьянкин был приговорён к семи годам лагеря строгого режима, остальные – к ссылке в Сибирь или в Казахстан. Всех троих клириков заподозрили в связях с «истинно-православным подпольем мечёвцев» в Москве. В 1950 г. из Москвы и Московской области было выслано 15 иереев. Серьёзным чисткам подверглось монашество епархии: в 1949–1950 гг. были депортированы архимандрит Нифонт (Бугаевский), архимандрит Исидор (Скачков), архимандрит Дамиан (Рябенко), иеромонах Спиридон (Едемский-Своеземцев), иеромонах Киприан (Новиков), иеромонах Иона (Новиков), иеромонах Серафим (Шустов). Последние аресты и депортации духовенства имели место в 1951 г. В Загорском районе летом 1951 г. был арестован преподаватель Московской духовной семинарии священник Николай Никольский. В сентябре 1951 г. подвергся аресту священник Сарычев, настоятель прихода в Кашире. Высланы священник Тимофей Троицкий из Каширы и диакон Василий Поляков. В сентябре 1951 г. патриарх Алексий I (Симанский) перевёл приходы Москвы под своё управление. Управляющий делами Московской патриархии протопресвитер Николай Фёдорович Колчицкий в беседе с А.А. Трушиным так объяснил решение патриарха: «Мы с патриархом думаем в ближайшее время дать указание, чтобы наше духовенство [по г. Москве] работало так же, как и все рабочие и служащие, полную неделю и имели бы один выходной.