В 1944 г. в Московской области были открыты ещё десять церквей, к началу 1945 г. здесь насчитывалось 138 храмов, были зарегистрированы 242 священника, 43 диакона, 11 псаломщиков. После смерти патриарха Сергия (15 мая 1944 г.) митрополит Николай (Ярушевич) снова стал управлять приходами и Москвы, и Московской области. 31 января 1945 г. поместный Собор принял «Положение об управлении Русской Православной Церкви», в котором говорилось: «Для облегчения Патриарха в его попечениях об общецерковных делах Московской епархией управляет, по указанию Патриарха, на правах епархиального архиерея, Патриарший наместник с титулом митрополита Крутицкого», являющийся постоянным членом Священного Синода. 7 апреля 1947 г. указом патриарха Алексия I (Симанского) митрополит Николай (Ярушевич) в связи с 25-летием служения в архиерейском сане был награждён титулом «Крутицкий и Коломенский» (Государственный архив Российской Федерации). Кафедральным собором митрополита Николая (Ярушевича) стал Преображенский (Петропавловский) храм на Преображенской пл. в Москве. Митрополит Николай (Ярушевич) занимал деревянное церковное здание в Бауманском пер., в котором раньше жил и работал митрополит Сергий (Страгородский) до 1943 г., когда Московской патриархии было передано здание в Чистом пер. К январю 1945 г. в ведении Крутицкого митрополита состояли 31 церковь в Москве и 138 храмов в Московской области. Были зарегистрированы помимо митрополита Николая (Ярушевича) два епископа, 242 священника, 43 диакона, 11 псаломщиков (Центральный государственный архив Московской области). В июне 1946 г. Рязанской области отошли Октябрьский, Горловский, Михайловский, Скопинский и Чапаевский районы, в связи с чем число приходов в ведении Крутицкой митрополии уменьшилось на 12. В 1947 г. два священника в Московской области ушли за штат из-за «непосильных налогов» (Центральный государственный архив Московской области). В 1944–1947 гг. церкви были переданы в Москве Всехсвятский храм на Соколе, Успенский собор Новодевичьего монастыря, Малый собор Донского монастыря, Гаврииловская и Феодоровская церкви в Телеграфном пер. и Всехскорбященский храм на Ордынке. В октябре 1946 г. была воссоединена с РПЦ община Пименовского храма в Новых Воротниках, где до 1946 г. на регистрации состояли обновленческий «первоиерарх» Александр Иванович Введенский (ум. 8 августа 1946 г.) и его трое сыновей: «протопресвитер» Александр, «протодиакон» Александр, «диакон» Владимир, а также обновленческий «протопресвитер» Никита Федотов. Без регистрации в Пименовском храме служили «митрополит» Филарет Яценко (титуловался с 1946 г. как Крутицкий, хотя не имел на то время в своём подчинении ни одного действующего прихода), «архиепископ» Алексей Михайлов, «священник» Борис Морозов, «священник» Иван Попов. Двое последних в 1944–1946 гг. безуспешно пытались зарегистрировать обновленческие приходы в сёлах Московской области, в чём их поддерживал лжемитрополит Яценко. Попов и Яценко отказались соединиться с Московской патриархией (Центральный государственный архив Московской области). Ещё два обновленческих клирика Москвы – «священник» Дмитрий Ивлев и псаломщик Фёдор Тимофеев