4 марта 1942 г. Киевский и Галицкий митрополит Николай (Ярушевич) получил от митрополита Сергия (Страгородского) полномочия по временному управлению приходами Московской епархии, которые раньше имел Куйбышевский архиепископ Алексий (Палицын); в документе от 17 апреля 1942 г. митрополит Николай (Ярушевич) упомянут как «временно управляющий делами Патриархии в Москве». Секретарём Московской патриархии был протоиерей Сергей Константинович Даев, настоятель Ризоположенской церкви на Донской ул. 14 мая 1944 г. состоялась его хиротония во епископа Можайского, викария Московской епархии (см. Макарий (Давев)). Основной задачей епископа Макария (Даева) было замещение митрополита Николая (Ярушевича) во время его отсутствия в епархии (Государственный архив Российской Федерации). В отчётах уполномоченного Совета по делам РПЦ отмечалось, что епископ Макарий (Даев) стал заместителем и помощником митрополита Николая (Ярушевича) по управлению Московской епархией. Указом патриарха Сергия (Страгородского) от 7 октября 1943 г. за митрополитом Николаем (Ярушевичем) было закреплено управление приходами в Московской области, управление приходами Москвы патриарх Сергий (Страгородский) принял на себя. 28 января 1944 г. Синод утвердил следующее предложение патриарха Сергия (Страгородского): «Нуждаясь в постоянной архипастырской помощи по управлению Московской Патриархией и идя навстречу желанию преосвященного Николая (Ярушевича), митрополита Киевского и Галицкого, экзарха Украины, предлагаю перевести его на кафедру митрополита Крутицкого с сохранением за ним внешних отличий, присвоенных издревле Киевской кафедре, и с поручением ему, в качестве моего наместника, управления всей Московской епархией на правах епархиального архиерея, за исключением духовенства и приходов г. Москвы, остающихся в моём непосредственном управлении». Это назначение было согласовано с председателем Совета по делам РПЦ Георгием Григорьевичем Карповым. Оно совпало с началом массового открытия церквей в столичном регионе. В этот период формировался региональный аппарат уполномоченного Совета по делам РПЦ (СД РПЦ) по Москве и Московской области. Постановлением исполкома Московского облсовета от 18 декабря 1943 г. по предложению Г.Г. Карпова уполномоченным СД РПЦ по Москве и Московской области был назначен майор госбезопасности А.А. Трушин. Он проработал в этой должности до упразднения СД РПЦ в декабре 1965 г., затем до конца 1983 г. был уполномоченным новообразованного Совета по делам религий при СМ СССР по Москве и Московской области. Фактически А.А. Трушин был пожизненным руководителем аппарата этого ведомства по Московскому региону. Его деятельность была отмечена давлением на духовенство, жёсткими административными мерами в отношении церкви. В январе 1944 г. в ведении Крутицкого митрополита находились 146 церквей в Московской области, из них десять были открыты в 1943 г. В августе 1944 г. число приходов уменьшилось на 18 вследствие перехода Петушинского района в состав Владимирской области, Боровского, Высокиничского, Малоярославецкого и Угодско-Заводского районов в состав Калужской области.