Приобретённая в 1912 г. Азиатским музеем рукопись «Хронологии» мусульманского энциклопедиста аль-Бируни (ум. в 1048 г.) подсказала И.Ю. Крачковскому тему большой статьи «Благодатный огонь по рассказу ал-Бируни и других мусульманских писателей X–XIII вв.», в которой он вновь обратился к вопросу о христианско-мусульманских культурных связях. Здесь приводится не изданный раньше отрывок «Хронологии» с переводом и анализируются свидетельства других арабо-мусульманских авторов, трактующих чудо благодатного огня как хитрый обман христианских священников; в сдержанном по тону рассказе аль-Бируни об этом явлении И.Ю. Крачковский видит пример «вдумчивой терпимости к чужой религии» – позиции, нравственно близкой ему самому. Линию исследования христианско-мусульманских связей И.Ю. Крачковский продолжает в статье «Федор Абу Курра у мусульманских писателей IX–X в.», где рассматривает упоминания об одном из самых ранних арабо-христианских писателей Феодоре Абу Курре, епископе Харранском (вторая половина VIII – первая треть IX вв.), у мусульманского автора аль-Джахиза (ум. в 868 г.) и в сочинении «аль-Фихрист» Ибн ан-Надима (987/988 г.). В статье «Христиане и христианские термины у мусульманского поэта XII в. в Багдаде» И.Ю. Крачковский высказывает предположение, что исследование арабской средневековой поэзии могло бы дать ценные результаты относительно христианско-мусульманских контактов, и в качестве примера приводит диван малоизвестного поэта Ибн ат-Таавизи (XII в.), в стихах которого встречаются многие христианские термины. В статье «О переводе Библии на арабский язык при халифе ал-Ма'муне» И.Ю. Крачковский, опираясь на сообщение «аль-Фихриста» о первом полном переводе Библии на арабский язык, устанавливает его дату (не позднее первой половины IX в.) и идентифицирует переводчика Ахмеда ибн Абдаллаха. По мнению исследователей, аналогичный филологический подход к материалу свойственен и эфиопистическим публикациям И.Ю. Крачковского. В статье «Арабская версия «псалий» Такла-Хайманоту» он впервые опубликовал арабский перевод гимна в честь эфиопского святого Такла Хайманота: этот текст представляет собой редкий случай арабского перевода с эфиопского оригинала, а не наоборот (русский перевод Сергея Алексеевича Французова). В статье «Из эфиопской географической литературы» И.Ю. Крачковский знакомит читателя с двумя отрывками переводной эфиопской литературы из собрания Национальной библиотеки в Париже и идентифицирует один из них как перевод-переработку двух глав первой части всемирной хроники арабского православного автора Агапия Манбиджского (X в.). Публикация И.Ю. Крачковского «Зара-Якоб или Джусто да Урбино» внесла вклад в международную научную дискуссию относительно подлинности трактата эфиопского мыслителя Зара Якоба (XVII в.). Статья «Абиссинский магический свиток из собрания Ф.И. Успенского» содержит описание памятника своеобразного жанра эфиопской народной литературы и дополняет статью Б.А. Тураева (Тураев Б.А. «Абиссинские магические свитки» // Сборник статьей в честь графини П.С. Уваровой (1885–1915). М., 1916 г.). Среди работ И.Ю. Крачковского, связанных с христианским Востоком, важное место, по мнению исследователей, занимают описания рукописей и рукописных собраний: «Эфиопские рукописи» («Краткая памятка: [История Азиатского музея, 1908-1918]». Петроград, 1920 г.), «Арабские рукописи из собрания Григория IV, патриарха Антиохийского» (Л., 1924 г.), «Грамота Иоакима IV, патриарха Антиохийского, львовской пастве в 1586 г.» (Л., 1924 г.), «Христианско-арабские рукописи в петербургских библиотеках» (аль-Машрик. 1925 г., том 23 (на арабском языке; русский перевод Валерия Вячеславовича Полосина)), «Оригинал ватиканской рукописи арабского перевода Библии» (Доклад Академии Наук СССР. 1925 г.), «К описанию арабских рукописей Публичной библиотеки» («Восточный сборник». Л., 1926 г., выпуск 1) и др.