И.Ю. Крачковский указывал и на особое значение арабо-христианских литературных памятников в лингвистическом аспекте, поскольку они не свидетельствуют о «безграмотности» авторов-христиан, а отражают живой язык своего времени, не скованный кораническими нормами, и представляют тем самым ценный материал для истории арабского языка. Этот подход нашёл отражение в целом ряде рецензий на научные публикации как арабоязычных, так и западных авторов, в частности, Георга Графа. Укреплению интереса И.Ю. Крачковского к арабо-христианским исследованиям способствовало и его пребывание на Ближнем Востоке (Сирия, Ливан, Палестина, Египет; 1908–1910 гг.), где он познакомился с жизнью православных монастырей, слушал лекции профессора Луиса Шейхо и других выдающихся ориенталистов в иезуитском университете св. Иосифа (Бейрут) и близко соприкоснулся с работой школ ИППО (см. Палестинское православное общество). В декабре 1909 г. по просьбе русского консула в Дамаске князя Бориса Николаевича Шаховского составил докладную записку о школьной деятельности ИППО в Сирии, содержащую ряд серьёзных критических замечаний и рекомендаций. Большинство пунктов записки было принято, программы школ при участии И.Ю. Крачковского пересмотрены, но с началом Первой мировой войны русские школы на Востоке были закрыты османскими властями. Тем не менее, связь И.Ю. Крачковского с ИППО (впоследствии Российским палестинским обществом (РПО) при Академии Наук СССР) сохранялась и в дальнейшем. В 1915 г. он был избран его пожизненным действительным членом и участвовал в совещании по вопросу о русских научных интересах в Палестине. В 1921 г. И.Ю. Крачковский вошёл в состав Совета РПО; 5 июня 1928 г. избран помощником председателя общества в помощь тяжело болевшему академику Фёдору Ивановичу Успенскому, после смерти которого исполнял обязанности председателя (сентябрь 1928 г. – ноябрь 1929 г.). В этот период он вместе с исполняющим обязанности секретаря общества Иваном Ивановичем Соколовым составил «Отчёт о деятельности РПО с 1 октября 1927 г. по 1 октября 1928 г.» (копия в архиве ИППО), в котором обращал внимание руководства Академии Наук и вышестоящих инстанций на необходимость заграничной командировки членов общества для нормального развития его работы. В декабре 1930 г., убедившись в невозможности положительного решения этого вопроса, И.Ю. Крачковский представил в Совет РПО записку с призывом о восстановлении научно-издательского и научно-библиографического потенциала общества (аналогичные мысли высказывались им и 20 лет спустя). С 1934 (после смерти председателя РПО академика Николая Яковлевича Марра) до начала 1951 г. И.Ю. Крачковский, по мнению исследователей, формально оставался исполняющим обязанности председателя (председатель в этот период не избирался, сведений о какой-либо работе общества в архивах нет). Когда в 1950 г. было принято решение о возрождении деятельности РПО с учётом изменения геополитической ситуации на Ближнем Востоке, предполагалось, что именно И.Ю. Крачковский, как старейший член общества, станет его председателем. И.Ю. Крачковский подготовил итоговый доклад о деятельности ИППО за все годы его существования, включавший и программу нового этапа работы, однако по состоянию здоровья уже не смог приехать в Москву на учредительное собрание нового состава РПО 16 января 1951 г. (через несколько дней он скончался).