Документы Коряжемского во имя святителя Николая Чудотворца мужского монастыря находятся в нескольких архивных собраниях. Архив Санкт-Петербургского института истории РАН содержит документы с 1548 по 1746 гг., всего 1446 единиц. Ряд документов находится в Российской национальной библиотеке, Российском государственном архиве древних актов, Российской государственной библиотеке, Отделе письменных источников Исторического музея, в Секторе письменных источников Вологодского историко-архитектурного художественного музея-заповедника (ВГИАХМЗ). Часть документов по истории Коряжемского во имя святителя Николая Чудотворца мужского монастыря хранится в Государственном архиве Вологодской области. Марина Сергеевна Черкасова, проанализировав состав архива монастыря в XVI – начала XVII вв., отметила, что «в коряжемской казне хранились не только акты, в которых одной из заинтересованной сторон выступал монастырь, но и чисто светские актовые и делопроизводственные источники». Подробно она остановилась на характеристике описи имущества монастыря 1609 г. (безусловно, одного из важнейших хозяйственных документов обители). Ряд документов по истории Коряжемского во имя святителя Николая Чудотворца мужского монастыря опубликован, в частности, сотная монастыря, вкладная и кормовая книги XVI–XVIII вв., опись имущества монастыря 1567 г. В 1570 г. (во всяком случае, в январе) игумена в монастыре не было. Однако во вкладной книге упоминаются келарь старец Иов (Новиков), казначей старец Авраамий, диакон Иов Китаев, священник Варсонофий, старцы Иродион, Иона Наволоцкий, Тимофей Батчищев, Серапион, Иларион, Иоиль, Агафон, Иосиф ростовец, Арсений, Селивестр, Варлаам Будра, Игнатий, Харалампий, Паисий, Ермолай, Сергий, Протасий и др. Таким образом, в монастыре проживали больше двадцати пострижеников. В годы настоятельства Иова (1583 (?) – 1588 гг.) кроме игумена, келаря и казначея в Коряжемском во имя святителя Николая Чудотворца мужском монастыре проживали 11 монахов и другие насельники. В 1702 г. помимо игумена Иосифа и казначея Авраамия в нём числилось 16 монахов. Во второй половине XVIII в., после того как в 1764 г. Коряжемский во имя святителя Николая Чудотворца мужской монастырь лишился большей части земельных владений, остались лишь настоятель, казначей, четыре иеромонаха, два иеродиакона, три монаха, подьячий и восемь штатных служителей. В 1890 г. в Коряжемском во имя святителя Николая Чудотворца мужском монастыре проживали два монаха, в начале ХХ в. – около 50 насельников. Основными вкладчиками Коряжемского во имя святителя Николая Чудотворца мужского монастыря были местные торговцы и промышленники, жители посадов Великого Устюга, Тотьмы, Яренска, Лальского погоста Сольвычегодского уезда, окрестных деревень и посадов, а также гости и мелкие торговцы, приезжавшие в Соль Вычегодскую (Сольвычегодск) на пушную ярмарку. К числу постоянных вкладчиков относились представители рода Строгановых. В кормовой книге записаны инок Антоний (Строганов Афанасий Владимирович) и Кузьма Данилович Строганов с матерью. Большой вклад в Коряжемский во имя святителя Николая Чудотворца мужской монастырь был дан после смерти Иоанникия (Аникея) Фёдоровича, наиболее известного представителя рода Строгановых.