С 1828 г. настоятелем стал бывший строитель Лальского монастыря Иероним. При нём был произведён ремонт обветшавших монастырских зданий, пополнилась ризница. Последним настоятелем Коряжемского во имя святителя Николая Чудотворца мужского монастыря до приписки к сольвычегодскому Введенскому монастырю в 1864 г. был Фалласий. 22 января 1864 г. Коряжемский во имя святителя Николая Чудотворца мужской монастырь потерял самостоятельность: монастырскую казну описали и сочли её скудной (около 400 руб.), штатный оклад Коряжемского во имя святителя Николая Чудотворца мужского монастыря по решению Синода был переведён во вновь учреждённый Самарский Пустынный во имя святителя Николая Чудотворца монастырь (неверно интерпретировав понятие «штаты», Владимир Семёнович Безроднов посчитал, что в Самарский Никольский монастырь переехали насельники Коряжемского во имя святителя Николая Чудотворца мужского монастыря). Немногочисленную братию (десять человек) перевели в Сольвычегодский монастырь. В 1896 г. указом Синода была восстановлена самостоятельность Коряжемского во имя святителя Николая Чудотворца мужского монастыря, и был введён строгий устав Саровского монастыря. Исследователи полагают, что причиной такого решения стало завещание купца первой гильдии М.А. Хаминова монастырю 40 тыс. руб. при условии его восстановления как общежительной обители. Помимо этого Коряжемский во имя святителя Николая Чудотворца мужской монастырь получил 5 тыс. руб., на проценты с которых следовало ремонтировать постройки. Игуменом был назначен казначей вологодского Димитриева Прилуцкого в честь Всемилостивого Спаса монастыря Нектарий (Акиндинов). Вместе с ним в Коряжемский во имя святителя Николая Чудотворца мужской монастырь переехали насельник Заоникиевской пустыни иеромонах Амфилохий и послушник. В монастыре они обнаружили запустение и нищету. Один из прибывших в Коряжемский во имя святителя Николая Чудотворца мужской монастырь вместе с игуменом Нектарием подробно описал неприглядную обстановку и бедность жилых помещений. Не лучшим оказалось и состояние храмов. Так, в церкви в честь Спаса Нерукотворного, по словам составителя записок, «всё закоптело, всюду масса пыли…, от спертого воздуха трудно дышать. В углах две неуклюжие печи, видно по всему, что они тепла дать не могут… Служебные книги буквально все истрёпаны… Одежда на престоле вся полинялая, из синей обветшавшей материи. Другой на смену не имелось. Церковная утварь ветхая». Ещё более ветхими оказались скотный двор, баня, погреб, амбар и другие хозяйственные постройки. Главной задачей игумена Нектария стал капитальный ремонт всех зданий. В 1908 г. на средства благотворителей был куплен 311-пудовый колокол, затем приобретены вся необходимая богослужебная утварь, одежда, книги.