По описи 1567 г., в Коряжемском во имя святителя Николая Чудотворца мужском монастыре было три храма: соборный во имя святителя Николая Чудотворца, в честь Благовещения Пресвятой Богородицы и во имя преподобного Димитрия Прилуцкого. По мнению исследователей устроение храма, посвящённого преподобному Димитрию, связано с особым почитанием насельниками Прилуцкого подвижника. Об этом, в частности, свидетельствуют многочисленные иконы преподобного, отмеченные в монастырской описи. В 1631–1632 гг., при игумене Антонии, над воротами была построена Благовещенская церковь, а на колокольню повешены часы, доставленные из Великого Устюга. Исследователи полагают, что в 1640 гг. началось возведение тёплой церкви в честь Нерукотворного образа Спасителя. Во вкладной и в кормовой книге монастыря есть запись о том, что в 1644 г. на строительство храма дал вклад 30 руб. игумен Александр (впоследствии епископ Вятский и Великопермский). По писцовым книгам 1625 и 1645 гг., в Коряжемском во имя святителя Николая Чудотворца мужском монастыре стояли деревянные холодный Никольский собор, тёплая Димитриевская церковь, надвратная Благовещенская церковь, колокольня с семью (в 1625 г.) и с девятью (в 1645 г.) колоколами. В 1665 г. в Коряжемском во имя святителя Николая Чудотворца мужском монастыре была возведена и епископом Александром освящена пятиглавая каменная Благовещенская церковь («по обещанию по родителей своих и по себе в вечное поминовение великий господин преосвященный Александр, епископ Вятский и Великопермский, своею казною»). Храм украшали «двери царские резные, травы сквозные, золочены красным золотом, а денег дано за них сто тритцать рублев». К Благовещенской церкви примыкала каменная колокольня. В 1763 г. была перестроена в камне церковь в приписной Христофоровой пустыни. В 1871 г. в Благовещенском храме обрушилась часть сводов, храм пострадал, как было установлено, по причине «осадки фундамента и от прелости нижних кирпичей северо-западного столба». В XIX в. в Коряжемском во имя святителя Николая Чудотворца мужском монастыря были также деревянные настоятельские кельи, каменные братские кельи, покрытые обветшавшей деревянной крышей, монастырь был обнесён деревянной оградой с тремя небольшими башнями. С западной стороны рядом с оградой находились ещё несколько деревянных келий и кладовые амбары, а с северной стороны – погреб и сарай для дров. К началу ХХ в. в Коряжемском во имя святителя Николая Чудотворца мужском монастыре были каменные соборный Благовещенский храм с колокольней и тёплая Спасская церковь, в 1897–1899 гг. отремонтированные игуменом Нектарием. Между храмами, над колодцем, который, по преданию, выкопал преподобный Лонгин, стояла каменная часовня. В 1904–1907 гг. был возведён каменный храм во имя преподобного Лонгина Коряжемского. В Коряжемском во имя святителя Николая Чудотворца мужском монастыре были деревянный корпус (1898 г.) с кельями для настоятеля и братии, в северо-западном углу ограды – старый каменный корпус (в 1899 г. отремонтирован) с трапезной, просфорной, кухней, кладовой и несколькими кельями. В 1897 г. в Коряжемском во имя святителя Николая Чудотворца мужском монастыре было построено деревянное здание, где расположилась хлебопекарня с помещениями для приходящих богомольцев. Обновлены были хозяйственные постройки. За монастырскими стенами стояли деревянные беседка, баня (1898 г.), овин, мельница (на реке Малое Лупье) с домом для богомольцев.