Следующий игумен, Арсений, за различные проступки был лишён управления обителью и в 1812 г. сослан в сольвычегодский Введенский монастырь, архимандрит которого стал временно управлять и Коряжемским во имя святителя Николая Чудотворца мужским монастырём. В 1819 г. игумен Арсений был запрещён в священнослужении и сослан в Семигороднюю пустынь Кадниковского уезда. Состояние Коряжемского во имя святителя Николая Чудотворца мужского монастыря несколько улучшилось после назначения на игуменство в 1819 г. иеромонаха Гавриила, строителя великоустюжского Знамено-Филипповского монастыря. Вместе с бывшим устюжским послушником Виктором Базилевским, который принял постриг с именем Вениамин, он занялся благоустройством обители. Иеромонах Гавриил продал участок в Сольвычегодске, с 1806 г. принадлежавший монастырю, но не приносивший дохода, а также начал сбор средств для ремонта церквей и других монастырских зданий. Надвратную церковь в честь Происхождения Честных древ Животворящего Креста Господня разобрали из-за угрозы обрушения. Для налаживания уставной жизни иеромонах Гавриил получил разрешение не выдавать деньги братии, а снабжать их одеждой и кормить. За заслуги в 1821 г. иеромонах Гавриил был возведён в сан игумена, а в Сольвычегодском духовном правлении назначен присутствующим с правом старшинства перед благочинными Гавриилом Кубеницким и Андреем Громовым. Те остались недовольны этим назначением и, освидетельствовав в 1823 г. монастырскую ризницу, подали на игумена Гавриила жалобу, однако епископ признал игумена Гавриила невиновным. Благодаря стараниям игумена Гавриила Коряжемский во имя святителя Николая Чудотворца мужской монастырь стал получать ежегодную сумму из государственной казны в размере 1460 руб. Кроме того, монастырь был освобождён от ежегодной высылки денег на «заведение приличного одеяния» и обуви крестовой братии, а также от содержания певчих архиерейского хора. В 1825 г. временно управляющим Коряжемским во имя святителя Николая Чудотворца мужским монастырём был назначен насельник Гледенского во имя Святой Троицы монастыря иеромонах Варлаам. Однако вскоре его уличили в пьянстве и подаче «бессмысленных рапортов», запретили в священнослужении и вернули в Гледенскую обитель. Коряжемский во имя святителя Николая Чудотворца мужской монастырь возглавил архимандрит сольвычегодского Введенского монастыря Августин (Марсов). В это время в Коряжемском во имя святителя Николая Чудотворца мужском монастыре числились лишь белый священник Михаил Селянинов (больше 90 лет), иеродиакон и два несовершеннолетних послушника. По просьбе архимандрита Августина иеромонаху Варлааму вернули право священнослужения и вновь поставили управлять обителью.