В полемике с лютеранами Фома Каэтан предлагал особенно подробный анализ третьего необходимого элемента покаяния: принесения Богу удовлетворения за грех. Согласно Фоме Каэтану, следовавшему общепринятому в его время католическому учению, в таинстве покаяния человек освобождается от вины (culpa) за грех, однако он остаётся обязанным понести наказание (poena) за грех, поскольку этого требует божественная справедливость. Это наказание может быть понесено человеком либо в собственном виде, т.е. как претерпевание неких налагаемых Богом кар, либо посредством принесения Богу удовлетворения (satisfactio) за грех, избавляющего от наказания, т.е. совершения добра, равновеликого допущенным им ранее грехам. Хотя удовлетворение коренится в юридических отношениях между человеком и Богом, оно имеет и воспитательное значение, т.к., принося его, человек «уничтожает в себе то зло, которое осталось в нём от его греха» (ср. ст. Епитимия). Удовлетворение, по утверждению Фомы Каэтана, имеет две стороны: видимую, связанную с налагаемой на грешника священником во время таинства покаяния обязанностью совершить определённые добрые дела (молитвы, поклоны, посты, паломничества и т.п.), и невидимую, связанную с обетом человека перед Богом совершить некое добро и с принятием Богом добрых дел человека в качестве надлежащего удовлетворения. Поскольку никому не известно, какого удовлетворения ждёт от него Бог, никто при жизни не может быть уверен в том, что он принёс полное удовлетворение и будет освобождён от наказания. Таким образом, несмотря на веру, покаяние и благочестивую жизнь, человек не может быть уверен в спасении. По мнению Фомы Каэтана, хотя смерть человека освобождает его от обязанности совершать конкретные добрые дела, он не освобождается от данного им Богу обета принести удовлетворение за грехи; находясь в чистилище, человек, стремившийся принести удовлетворение во время земной жизни, продолжает приносить удовлетворение Богу, но уже в форме претерпевания наказания. С помощью учения об удовлетворении Фома Каэтан связывал таинство покаяния с католическим представлением об индульгенциях, которые понимались как экстраординарное средство избавления от вины за грех и принесения удовлетворения Богу. Тематика рассуждений Фомы Каэтана о таинстве евхаристии всецело определялась религиозной полемикой его времени: наиболее подробно он рассматривал реальность присутствия Иисуса Христа в Святых Дарах, которую отрицали последователи и единомышленники У. Цвингли, и жертвенный характер евхаристии, который не признавали лютеране. Согласно Фоме Каэтану, для всех христиан является общим фундаментальное убеждение, что евхаристия как церковное таинство есть видимый знак, указывающий на невидимое единство всех христиан в церкви как духовном Теле Христовом: «Мы все являемся причастниками единого таинственного Хлеба и образуем единое таинственное Тело Христово».