Вместе с тем, возражая протестантам, Фома Каэтан отмечал, что в евхаристии христиане не только свидетельствуют о своём духовном единстве со Христом и друг с другом во Христе, но и видимым образом «сообща принимают истинное Тело Христово». Признавая, что евхаристия заключает в себе «знак» («signum»), указывающий на смерть Христову и Его Воскресение, Фома Каэтан отмечал, что помимо знака в евхаристии присутствует и обозначаемое им, т.е. Сам Христос. Формулируя в трактате «О заблуждениях, относящихся к таинству Евхаристии» учение о способе присутствия Иисуса Христа в евхаристии, Фома Каэтан отмечал, что это присутствие нельзя понимать в примитивном материальном смысле: неверно думать, будто «Плоть Христа ощущается, осязается и разрывается зубами». Евхаристическое Тело Христово, будучи истинным Телом, принимается верующими не «телесно и воспринимаемо» («corporaliter et perceptibiliter»), но «духовно» («spiritualiter») и «верой» («credendo»); Оно не воспринимается ни чувствами, ни умом, которым доступны лишь «таинственные виды» («species sacramentales»), т.е. явленные телесно Хлеб и Вино. По убеждению Фомы Каэтана, приступая к евхаристии, христиане принимают не только «таинство в смысле знака Плоти Христовой», но и видимым образом принимают «виды» (т.е. Хлеб и Вино), таинственно содержащие в себе истинную Плоть Христову. Как отмечал Фома Каэтан, из этого вовсе не следует, что Тело Христово является духовным или призрачным; напротив, истинное Тело, Которое существует на небесах «телесным образом» («per modum corporis»), в евхаристии существует «духовным способом существования» («modus essendi spiritualis»). Фома Каэтан считал ошибочным высказывавшееся некоторыми протестантскими авторами мнение, что, поскольку Христос Своей смертью победил грех, результатом таинства евхаристии для верующих является уничтожение всех их грехов, утверждая, что все таинства есть средства победы над грехами. Происходящее в евхаристии соединение со Христом способствует борьбе с грехом, но не побеждает его в человеке раз и навсегда. Опровергая критику лютеранами католического учения о жертвенном характере евхаристии, Фома Каэтан утверждал, что при совершении евхаристии принесенная Христом кровавая крестная Жертва всякий раз снова приносится Богу Отцу во искупление грехов; таким образом, образуется постоянное «продолжение» («perseverantia») единократной Жертвы, хранимое церковью. По словам Фомы Каэтана, всякая евхаристическая Жертва «есть одна и та же крестная Жертва, точно так же как существует только одно Тело Христово и только одна Кровь Христова – и на алтаре, и на Кресте, и на небесах». Различие состоит лишь в способе принесения Жертвы: единожды она была принесена телесно на Кресте, многократно и постоянно она приносится духовно на алтаре. Фома Каэтан считал недопустимым распространенное в народе мнение, что во время мессы приносится жертва, «дополняющая» крестную Жертву, и тем самым каждая месса обладает собственной силой, т.к. при её совершении священник уничтожает грехи и заслуживает дополнительную милость от Бога. По выражению Фомы Каэтана, месса есть лишь «повозка» («vechiculum»), посредством которой верующим «доставляется» отпущение грехов, единожды заслуженное Иисусом Христом в момент принесения крестной Жертвы.