Сотериологическим основанием индульгенций он считал учение о заслугах Христа и святых и учение о необходимости для спасения принесения Богу удовлетворения за грехи. Экклезиологическим основанием является представление о церкви как о едином теле, все члены которого соединены духовными связями и призваны способствовать спасению друг друга, а также представление о главенствующем положении в церкви Римского папы, которое даёт ему право распоряжаться всеми благами церкви, и об имеющейся у него высшей «власти ключей». Сакраментологическое основание – учение о трёх элементах таинства покаяния и о необходимости для полного очищения от грехов понести налагаемое Богом наказание за грех или предоставить удовлетворение. В соответствии с определением Фомы Каэтана, которое вошло в текст декреталии «Cum postquam», с догматической точки зрения индульгенция есть «отпущение («remissio») временного наказания («poena temporalis»), причитающегося за актуальный грех согласно божественной справедливости». Избавляя человека от наказания, индульгенция выступает в качестве заменителя «наложенного покаянного удовлетворения» («injuncta satisfactio poenitentialis»), т.е. обязанности человека совершить некие добрые дела, в результате чего он будет освобождён от наказания. Из этого заместительного характера индульгенции проистекает её связь с заслугами. Согласно Фоме Каэтану, многие добрые дела (например, пост) при рассмотрении их с точки зрения результата могут являться «прибавлением блага («bonificatio»), врачеванием, заслугой, удовлетворением». При этом два последних качества взаимодополняющие, т.к., согласно Фоме Каэтану, всякое дело в аспекте его «благости», т.е. содержащейся в нем благой воли и любви, является заслугой; однако то же самое дело в аспекте связанного с ним «наказания за зло» и «страдания» является удовлетворением. Например, пост одновременно есть благое дело, служащее духовному преуспеянию, вследствие чего он является заслугой; вместе с тем в силу связанного с ним страдания он есть удовлетворение. При этом если для грешников добрые дела по большей части являются удовлетворением, то для Иисуса Христа и святых, не нуждающихся в принесении удовлетворения Богу, их добрые дела являются заслугами. Поскольку Христос вообще не имеет греха, все Его бесконечные заслуги являются «сверхдолжными», т.е. не нужными Ему для принесения удовлетворения. Святые, по утверждению Фомы Каэтана, принесли гораздо большее удовлетворение, чем были должны, поэтому значительная часть их добрых дел также является «сверхдолжными заслугами» («superabundantia merita»). Поскольку Христос, святые и все христиане едины в церкви как в одном таинственном теле, вся совокупность сверхдолжных заслуг образует «сокровищницу церкви», из которой эти заслуги могут «распределяться» тем христианам, которые нуждаются в них для принесения удовлетворения Богу. Актом такого распределения и является предоставление индульгенции, в силу которой человеку вменяются сверхдолжные заслуги из церковной сокровищницы как принесённое им лично удовлетворение. Таким образом, индульгенция совершает своеобразную конвертацию заслуги в удовлетворение. Необходимость такой конвертации обусловлена тем, что заслуга может быть только личной и не может быть передана другому, тогда как удовлетворение может быть принесено одним человеком за другого в акте любви; это, по мысли Фомы Каэтана, прямо следует из искупительного подвига Христа.