В этих и подобных им случаях употребляется духовное наказание; а для исправления прочих грехов, которые не к чести нашей у нас бывают терпимы, таких как открытая брань, явное пренебрежение, надменное прекословие, распущенность, свободный выход, близкое обращение с женщинами, гнев, споры, злоба, ссора, своевольный выбор дела, сребролюбие, пристрастие и обладание излишними вещами, которых нет у прочих братьев, неурочное и тайное употребление пищи и подобное тому, употребляются не духовные, а телесные наказания и изгнание из монастыря». В конце «Codex regularum» под именем Колумбана сохранился фрагмент устава для женских обителей – «Regula monialium» или «Regula Columbani ad virgines» (начало IX в., 1465–1467 гг.; цитата содержится и в «Concordia regularum»); издатель О. Зебасс считал его подлинным, но Б. Круш в рецензии на это издание высказался против авторства Колумбана. Неизданными остаются приписываемые Колумбану правила в форме вопросо-ответов (XIII в.), но, по мнению Дж. С.М. Уокера, как по стилю, так и по содержанию они однозначно не принадлежат Колумбану. «Пенитенциал» Колумбана сохранился в двух рукописях (IX–X вв., вторая половина IX в.), которые восходят к архетипу из Боббио. В соответствии с подзаголовками «Пенитенциал» делится на две части: для монахов (в изданиях обозначается литерой A) и для клириков, мирян и монахов (обозначается литерой B; деление впервые введено в устаревшем издании). Чарлз-Эдвардс предложил выделить пять блоков: о серьёзных грехах монахов, о небольших проступках монахов, о грехах клириков, о грехах мирян, о малых санкциях для монахов. Большинство исследователей согласны с тем, что раздел А появился раньше и, вероятно, был принесён Колумбаном на континент из ирландского монастыря (на это указывают язык памятника и неразработанность епитимий), тогда как раздел B составлен в Бургундии для пастырского окормления мирян. Значительная часть текста имеет параллели в более раннем ирландском «Пенитенциале» Финниана (VI в.). На авторство Колумбана, по мнению исследователей, могут указывать общие места с «Правилами для киновитов», а также требование полного послушания аббату (в частности, говорится, что тот, кто из гордыни не будет обращать внимания на слова настоятеля (препозита) или будет хулить правила (regula), тотчас же изгоняется из монастыря). По мнению исследователей, текст составлялся и дополнялся постепенно, и история его происхождения более сложная. «Пенитенциал» оказал влияние на последующую традицию франкских покаянных книг. В частности, прямые заимствования встречаются в так называемом Бургундском Пенитенциале первой четверти VIII в.; в основном, использовался раздел, где в одном месте выражение laicus (мирянин) заменено словом clericus (клирик), что может указывать на адресатов «Бургундского Пенитенциала». В Ирландии «Пенитенциал» Колумбана не получил распространения, хотя активные связи между монастырями Колумбана на континенте и ирландскими обителями сохранялись долгое время. В отличие от правил Колумбана «Пенитенциал» не стал предметом споров, т.к. предлагаемая им практика покаяния уже была известна на континенте. Бóльшая часть епитимий заключается в наложении продолжительных постов. При этом автор не отвергает существование более древней покаянной практики – канонической дисциплины; упоминается длительная акинония и разряды кающихся (за причащение с еретиками (бонозианами) полагается сорок дней стоять с катехуменами, потом ещё 80 дней – с пенитентами). Автор также настаивает на строгом соблюдении клириками целибата.