Карл IX и королева-мать успели бежать сначала в укреплённый замок Мо, а потом в Париж, но эти события послужили поводом к возобновлению военных действий. Гаспар де Колиньи участвовал в сражении у Сен-Дени (10 ноября 1567 г.), где гугеноты были разбиты. Однако потом протестанты взяли Тур и Блуа, осадили Шартр. И католики, и протестанты смогли собрать значительные армии, но из-за отсутствия денег и у той, и у другой стороны дальнейшие военные действия оказались невозможны. 23 марта 1568 г. был подписан мир в Лонжюмо. Проводимая герцогом Альбой политика жестоких репрессий против представителей франкоязычной нидерландской знати потребовала от французского короля публичного выражения определённой политической позиции. Репрессии затронули дворян, находившихся в родстве с французскими знатными семействами (так, лидеры нидерландского восстания граф Ламораль Эгмонт и Филипп де Монморанси Нивель, граф Горн, были родственниками французов Монморанси и Шатийонов), которые просили короля защитить нидерландских дворян. Вопрос о помощи нидерландской знати обсуждался на заседании Королевского совета, но под давлением Екатерины Медичи, опасавшейся войны с Испанией, был признан несвоевременным. Отряд, собранный капитаном Франсуа де Коквилем, гугенотом, для помощи восставшим нидерландским протестантам, по приказу короля был остановлен армией во главе с маршалом Артю де Коссе и разбит при Сен-Валери (июль 1568 г.), а де Коквиль схвачен и казнён. Испанский король Филипп II одобрил эти действия французского короля. Это подтолкнуло французских и нидерландских кальвинистов к объединению. Принц Людовик де Конде и Гаспар де Колиньи с французской стороны и принц Вильгельм Оранский со стороны восставших в нидерландских провинциях подготовили договор о «Священном союзе» в деле защиты истинной веры, в борьбе с ущемлением прав дворянства и в противостоянии тирании (август 1568 г.). Этот документ не был подписан, но в начале третьей религиозной войны отряды принца Вильгельма Оранского и его брата графа Людовика Нассауского сражались на стороне французских гугенотов. 13 марта 1569 г. в битве при Жарнаке был убит принц Людовик де Конде. Гаспар де Колиньи встал во главе французских гугенотов; молодой и неопытный король Генрих Наваррский (в 1589–1610 гг. – король Франции Генрих IV) был лишь формальным предводителем французских кальвинистов. В июне 1569 г. гугеноты осадили Пуатье. Однако руководившие обороной города сыновья убитого герцога де Гиза Генрих де Гиз и Карл Лотарингский, герцог Майенский, заставили их отступить. 13 сентября 1569 г. Парижский парламент, признав Гаспара де Колиньи виновным в оскорблении королевского величества и измене, лишил его всех должностей и владений, а также принял решение о символической казни адмирала: герб Гаспара де Колиньи надлежало бросить в реку, а его изображение повесить на виселице в Монфоконе. 3 октября 1569 г. Гаспар де Колиньи потерпел поражение при Монконтуре от наследника французского престола герцога Генриха Анжуйского (в 1574–1589 гг. – короло Франции Генрих III).