Город был сильно разрушен и разграблен; Гаспар де Колиньи и его брат Франциск, сеньор д'Андело, попали в плен (д'Андело, впрочем, на следующий день удалось бежать). Поражение при Сен-Кантене, пленение и унизительное отношение испанцев к пленникам (Гаспар де Колиньи находился в заключении сначала в городе Слёйс, потом в Генте и был освобождён только после подписания Като-Камбрезийского мира (1559 г.), завершившего Итальянские войны), требование огромного выкупа, молчание короля, не ответившего на его реляцию о случившемся, по мнению исследователей, сильно повлияли на него: размышления над Библией, переписка с членами семьи (жена Гаспара де Колиньи уже склонялась в это время к протестантской вере; брат Франциск д'Андело перешёл в кальвинизм около 1558 г.) и с Жаном Кальвином подвигли его к мыслям об изменении веры. Получив свободу, Гаспар де Колиньи некоторое время занимался отправкой французского флота на помощь Шотландии; поскольку, часто бывая в портовых городах Гавр и Дьеп, Гаспар де Колиньи не мог исполнять должность губернатора Пикардии, король освободил его от этой должности (январь 1560 г.). Видя в этом решении влияние Гизов (жена короля Франциска II Мария Стюарт была племянницей герцога Франциска де Гиза), Гаспар де Колиньи, тем не менее, не поддержал поход дворян-гугенотов на королевский замок Амбуаз с целью свержения Гизов («Амбуазский заговор», март 1560 г.; исследователи полагают, что Гаспар де Колиньи К. не знал о нём). Он обращался к королеве-матери Екатерине Медичи с просьбой предоставить во Франции свободу богослужения протестантам. По мнению исследователей, к этому времени Гаспар де Колиньи окончательно склонился к кальвинизму: посещал тайные собрания гугенотов, обсуждал с пасторами вопросы, касавшиеся учения о евхаристии, обустроил в родовом имении место для молитв. На ассамблее нотаблей в Фонтенбло (август 1560 г.) Гаспар де Колиньи открыто объявил себя приверженцем новой веры и защитником французских кальвинистов и обратился к королю с просьбой предоставить гугенотам несколько церквей для богослужения. Неожиданная смерть Франциска II привела к отстранению Гизов от власти: при юном короле Карле IX (1560–1574 гг.) регентшей стала Екатерина Медичи. Она и новый канцлер Мишель де Лопиталь, пытаясь предотвратить назревавшую гражданскую войну, проводили политику примирения подданных и умиротворения государства. Важную роль в этой политике играл Гаспар де Колиньи, который стал членом Королевского совета. Летом 1561 г. в Пуаси была созвана ассамблея французского духовенства, где обсуждалась возможность реформы католической церкви во Франции; осенью того же года состоялся богословский диспут (см. Коллоквиумы), в котором приняли участие католические и протестантские теологи. Результатом политики примирения стал «эдикт терпимости» от 17 января 1562 г., предоставивший гугенотам возможность собираться для богослужений без оружия за городской чертой. Однако после «резни в Васи» (март 1562 г.), когда дворяне из окружения Гизов напали на собравшихся на моление гугенотов, началась первая религиозная война (1562–1563 гг.). Гаспар де Колиньи обратился к королеве-матери с требованием предать виновных справедливому суду, когда же этого не последовало, открыто выступил на стороне гугенотов.