В 1870 гг. кагульские старообрядцы написали несколько прошений императору Александру II о постройке в городе церкви, 11 ноября 1880 г. они получили разрешение возвести каменный храм. В сооружение и украшение церкви внесли значительный вклад старообрядцы-москвичи – Морозовы, Солдатёнковы, Шибаевы, Рахмановы, Нырковы, петербуржцы, в том числе Сергей Яковлевич Богданов. Ефим Яковлевич Горин из Саратова пожертвовал семь колоколов, старообрядческий Московский архиепископ Саватий – 12 икон. Храм был освящён в честь Покрова Пресвятой Богородицы 19 октября 1892 г. В 1962 г. храм закрыли, в 1966 г. было упразднено старообрядческое кладбище. 16 июля 1989 г. состоялся сход жителей Липованки, принявший решение ходатайствовать о восстановлении храма, который в 1992–1999 гг. был возрождён практически в первозданном виде, освящение состоялось 14 ноября 1999 г. Со второй половины XIX в. румынское, затем русское православное духовенство стремилось препятствовать распространению старообрядчества в Бессарабии. По решению Синода РПЦ от 17 декабря 1898 г. была учреждена должность противораскольнического миссионера для южной части Кишинёвской епархии с местопребыванием в Измаиле. Учреждались единоверческие (см. Единоверие) храмы и миссионерские школы. Так, стараниями кишинёвского епархиального миссионера протоиерея Феодосия Воловея в 1897 г. в Кагуле была открыта единоверческая церковь-школа, в 1898 г. построены единоверческая церковь и школа в Измаиле. К 1908 г. были открыты миссионерские школы в Аккермане, в селе Тарутине Аккерманского уезда, а также в Измаильском уезде (современная Одесская область): в сёлах Корячка (ныне Мирное), Подковка (ныне Василевка), Чичма (ныне Струмок) и Спасское. В 1918–1940 гг. миссионерский комитет Четатя-Албской епархии продолжал противостарообрядческую деятельность в Южной Бессарабии. В каждом благочинническом округе епархии был окружной миссионер. С представителями старообрядческих общин регулярно проводились диспуты. В настоящее время на территории Кагульской и Комратской епархии действуют общины старообрядцев белокриницкого согласия. В сентябре 2008 г. Кагул посетил глава Русской православной старообрядческой церкви митрополит Корнилий (Титов). В пределах Кагульской и Комратской епархии есть храмы неканонической Бессарабской митрополии в юрисдикции Румынской церкви (Кагульская и Кантемирская протопопии), а также четыре монастыря (Свято-Троицкий мужской и Свято-Владимирский женский в Кахуле, Циганковский Воскресенско-Вознесенский мужской в районе Кантемир и Гэвэноасский Свято-Троицкий мужской в районе Кахул). 24 октября 2007 г. Синод Румынской церкви принял решение о возобновлении в составе Бессарабской митрополии Южнобессарабской, Бельцкой и Дубоссарской епархий. Данное решение вызвало протест РПЦ, и вскоре было отменено. С 2007 г. в Гагаузии действуют общины возглавляемого Агафангелом Пашковским раскольнического «Архиерейского синода РПЦЗ (Агафангела)»: в селе Конгаз, городах Вулкэнешть и Чадыр-Лунга. Действующие монастыри: Кистоленский (Садаклийский) во имя Николая Чудотворца (женский, близ села Садаклия района Басарабяска, основан в 1932 г. как мужской, закрыт в 1943 г., в 1997 г. возрождён как женский), Злоцкий (Злотевский) во имя великомученика Георгия (мужской, близ села Злоць района Чимишлия, основан не позднее 1941 г. (до этого был скитом), закрыт в 1948–1949 гг., возрождён в 1994–1998 гг.), Кочулийский в честь Успения Пресвятой Богородицы (мужской, в селе Кочулия района Кантемир, учреждён в 1997 г.), чадыр-лунгский во имя великомученика Димитрия (женский, в городе Чадыр-Лунга в Гагаузии, учреждён в 2000 г.).