В апреле 1811 г. приходы Южной Бессарабии образовали Бендерское и Аккерманское викариатство Молдо-Влахийского Экзархата (см. в ст. Бендерское викариатство), резиденция первого Бендерского епископа Димитрия (Сулимы) находилась в Яссах. В 1813 г. Молдо-Влахийская митрополия была преобразована в Кишинёвскую и Хотинскую епархию, которую в сане архиепископа в 1821 г. возглавил Димитрий (Сулима). По Парижскому трактату 1856 г., заключённому после Крымской войны, Россия уступила Румынии южную часть Бессарабской губернии: Измаильский, Аккерманский и Кагульский уезды. 26 марта 1857 г. Румынский митрополит Михаил (Михалеску) создал духовную консисторию в Измаиле для управления приходами этих уездов. 3 ноября 1864 г. по решению Совета министров Румынии была образована Нижнедунайская епархия с центром в Измаиле, включившая большую часть Южной Бессарабии и жудец Ковурлуй; Кахул был присоединён к Хушской епархии. Управляющим Нижнедунайской епархией стал выпускник Киевской духовной академии епископ Мелхиседек (Петрович-Стефанеску), который основал в Измаиле духовную семинарию, начал активную деятельность среди живших в Южной Бессарабии и Буджаке русских старообрядцев. В 1868–1873 гг. существовало титулярное Аккерманское викариатство Кишинёвской епархии РПЦ, возобновлённое в 1882 г. В соответствии с Берлинским трактатом, подписанным после окончания Русско-турецкой войны 1877–1878 гг., южные районы Бессарабии вновь отошли Российской империи. Здесь были образованы Аккерманский и Измаильский уезды Бессарабской губернии, Кагул перестал быть центром самостоятельного уезда. В церковном отношении эти уезды стали частью Кишинёвской и Хотинской епархии РПЦ, в которой существовали Аккерманское (1882–1918 гг.) и Измаильское (1910–1918 гг.) викариатства. В последней четверти XIX – начале XX вв. в епархии строились храмы, осуществлялась противораскольническая деятельность. В 1893 г. начало работу Измаильское духовное училище. 27 марта 1918 г. Румыния заняла Бессарабию. На территории жудецов Измаил, Четатя-Албэ и Кахул возобновила деятельность Нижнедунайская епископия Румынской церкви – по официальной формулировке в связи с тем, что русские архиереи покинули Кишинёвскую епархию, хотя в действительности они были депортированы румынскими властями. Нижнедунайским архиереем в июне 1918 г. был назначен архиепископ Никодим (Мунтяну; впоследствии Румынский патриарх), который 1 августа 1918 г. рекомендовал епископа Дионисия (Эрхана) на кафедру в Измаил. Синод Румынской церкви постановил присвоить Дионисию (Эрхану) титул «епископ Четатя-Албский и Измаильский, викарий Кишинёвской епархии». В феврале 1923 г. Четатя-Албское викариатство по инициативе Кишинёвского и Хотинского архиепископа Гурия (Гросу) было преобразовано в самостоятельную Четатя-Албскую и Измаильскую епархию. Первым самостоятельным Четатя-Албским епископом стал хиротонисанный 3 апреля 1923 г. Нектарий (Котлярчук). Епархиальным центром должен был стать город Четатя-Албэ. Однако, поскольку там не оказалось подходящего здания, епархиальное управление перенесли в Измаил, где был большой собор.