В 1939 г. Четатя-Албская епархия насчитывала 220 приходов: 86 – в жудеце Четатя-Албэ, 70 – в жудеце Измаил, 64 – в жудеце Кахул. В Кахуле статус благочиннического имел храм св. Михаила. В епархии действовало пять монастырей: мужские – измаильский Николаевский с приписным Успенским монастырём и измаильский Константино-Еленинский при архиерейском доме, женские – скит св. Ферапонта в селе Сату-Ноу (ныне Новосёловка Одесской области), Преображенский скит в селе Борисаука (ныне Борисовка Одесской области) и Рождество-Богородицкий скит между сёлами Александрени и Думитрешти (ныне Александровка и Дмитровка Одесской области). В результате присоединения в июне 1940 г. Бессарабии к СССР большая часть Четатя-Албской епархии к началу 1941 г. перешла в юрисдикцию РПЦ, епархия получила название Измаильская. Указом Московской патриархии от 3 декабря 1940 г. Тульский епископ Алексий (Сергеев) был командирован в Кишинёв в качестве управляющего православными общинами Кишинёвской, Бельцкой, Измаильской и Черновицкой епархий сроком на шесть месяцев. Указом Московской патриархии от 12 мая 1941 г. Алексий (Сергеев) был назначен архиепископом Кишинёвским и Бессарабским с оставлением за ним Измаильской и Бельцкой епархий и с поручением управления Черновицкой епархией; он титуловался как «экзарх Бессарабский и Севернобуковинский». В 1940–1941 гг. арестам подверглись влиятельные клирики бывшей Четатя-Албской епархии: преподаватель семинарии протоиерей Георгий Мунтяну из Измаила, благочинный епархиальных монастырей архимандрит Савватий (Зубку), протоиерей Никанор Малеши из Аккермана, священник Афанасий Кострицкий из села Хаджи-Курда (ныне Камышовка Одесской области), священник Александр Гросу из села Олонешты, священник Димитрий Захария из села Старая Ларга (ныне Ларга-Веке района Кахул, Молдавия), священник Антоний Вустян из села Матросская (ныне Одесской области), священник Филипп Белинский из села Борисовка (ныне Одесской области), священник Василий Спанак из села Минджир (ныне района Хынчешть, Молдавия), священник Христофор Бейликчи из села Куза-Вода (ныне Александру-Йоан-Куза района Кахул) и др. Все указанные лица были отправлены в сибирские лагеря, в Молдавию вернулся только протоиерей Антоний Вустян в 1954 г. В годы румынской оккупации Молдавии во время Великой Отечественной войны Четатя-Албская епархия была возобновлена в пределах трёх жудецов Румынии: Четатя-Албэ, Измаил и Килия. Епархией управляли епископы: Поликарп (Морушка; 1941–1944 гг.), Анфим (Ника; март – август 1944 г.). Четатя-Албская епархия была частью Бессарабской митрополии, которую в 1941–1944 гг. возглавлял архиепископ Кишинёвский и митрополит Бессарабский Ефрем (Енэческу). Все названные архиереи покинули свои кафедры перед наступлением советских войск. В 1944 г., после освобождения Молдавии Красной Армией, Четатя-Албская епархия вернулась в юрисдикцию РПЦ. Её большая часть (в пределах Измаильской области Украинской ССР) была преобразована в Измаильско-Болградскую епархию, приходы, отошедшие южной части Молдавской ССР, вошли в состав Кишинёвско-Молдавской епархии. Значительная часть храмов Южной Бессарабии были закрыты в период гонений на церковь, в конце 1940 – 1960 гг. Одним из первых в 1948 г. был упразднён монастырь великомученика Георгия в селе Злоць (ныне района Чимишлия). В 1961 г. под давлением властей отрёкся от сана благочинный Комратского округа, настоятель храма св. Иоанна Предтечи в Комрате священник Кирилл Грищенко, местные власти использовали это как повод для закрытия храма.