В июне 1963 г. под предлогом нарушения приходом законодательства о культах была закрыта церковь в Кагуле, что вызвало многочисленные жалобы со стороны прихожан в Совет по делам РПЦ; в 1968 г. по решению Совета по делам религий началось устройство в храме музея. Закрытие церквей продолжилось в 1970 гг.: в 1976 г. прекратилось богослужение в храме в селе Константиновка Кагульского района, в 1977 г. – в храме в селе Киселия того же района. В 1970 г. в городе Чадыр-Лунга в ходе реконструкции была снесена ранее закрытая церковь. В конце 1980 гг. началось постепенное возвращение ранее закрытых храмов православным общинам Молдавии. Одними из первых в мае 1988 г. были переданы церкви собор св. Иоанна Предтечи в Комрате, церкви в сёлах Дезгинже и Бешалма Комратского района. В сентябре 1988 г. был возвращён Успенский храм в селе Кочулия Кантемирского района, при котором раньше действовал мужской скит, позднее при храме был возрождён монастырь (см. Кочулийский в честь Успения Пресвятой Богородицы мужской монастырь). В декабре 1988 г. возобновилось богослужение в бывшем монастырском храме святителя Николая в селе Садаклия Бессарабского района (ныне района Басарабяска), при котором впоследствии также возникла монашеская община (см. Кистоленский (Садаклийский) во имя святителя Николя Чудотворца женский монастырь). В январе 1989 г. верующим вернули использовавшийся под музей храм в Кагуле, в феврале того же года была возвращена церковь в райцентре Тараклия. 20 июля 1990 г. в Кишинёвской епархии было учреждено Бендерское викариатство, которое возглавил епископ Викентий (Морарь). В юрисдикции викариатства состояли в том числе храмы и монастыри в южных районах Молдавии. Решением Синода РПЦ от 17 июля 1998 г. по просьбе митрополита Кишинёвского и всея Молдовы Владимира (Кантаряна) для южных районов Молдавии была образована Кагульская и Каушанская епархия. Кагульским епископом был назначен протоиерей Георгий Ботнарь после пострижения его в монашество, 12 сентября 1998 г. в Москве состоялась его епископская хиротония. Первоначально помимо современной территории Кагульская и Комратская епархии включала уезд Лэпушна с центром в городе Хынчешть (29 января 2002 г. уезд был упразднён, из него выделен район Хынчешть). Резиденция Кагульского епископа и епархиальное управление до 2010 г. располагались в городе Хынчешть. Решением Синода Кишинёвской митрополии от 24 декабря 2010 г. приходы района Хынчешть были переданы в новообразованную Унгенскую и Ниспоренскую епархию. В 2004 г., до уменьшения территории Кагульской и Комратской епархии, в ней насчитывалось 165 приходов, 169 священнослужителей. В настоящее время при епархиальном управлении действуют отделы: церковно-административный, социальный, по делам молодёжи, катехизации, миссионерский, по взаимодействию с Вооружёнными Силами, по взаимодействию со СМИ. Живущие в Молдавии гагаузы в начале 1990 гг. образовали национальную автономию – Гагаузскую Республику с центром в Комрате, которая 23 декабря 1994 г. была признана властями Молдавии как автономно-территориальное образование Гагаузия. Гагаузы приняли православие не раньше второй половины XVIII в. В XIX в. исследователям известны первые гагаузские православные священники: Захария Чакир (1770–1830 гг.), историк протоиерей Димитрий Чакир (1839–1916 гг.), педагог, фольклорист и литературовед протоиерей Михаил Чакир (1861–1938 гг.), Димитрий Коршунджи, Захария Арнаутов, Константин Статов, Михаил Греков. Православие среди гагаузов утверждали русскоязычные священники: в частности, основателем прихода в гагаузском селе Вулканешты (ныне город Вулкэнешть) в 1860 г. был священник Андрей Стародубовский, проповедовавший по-русски.