На территории Киевского во имя святых Флора и Лавра женского монастыря в отличие от других женских монастырей Киева развернулось каменное строительство. Из Вознесенского во Флоровский монастырь перешли искусные мастерицы-златошвеи. Драгоценные церковные ткани пополнили его ризницу. Часть их сохранилась в музейных коллекциях, и в XXI в. изделия школы золотошвейного искусства обители представлены в экспозиции. Подчинение Киевского во имя святых Флора и Лавра женского монастыря печерскому архимандриту имело большое значение для сестёр, искавших монашеского пострига вблизи такой святыни, как Киево-Печерская лавра. До перемещения вознесенских насельниц на Подол самым территориально близким к лавре оставался Вознесенский монастырь (располагался напротив её св. ворот), где подвизались монахини из самых именитых родов. С 1720 гг. эту тенденцию исследователи относят уже к Киевскому во имя святых Флора и Лавра женскому монастырю, состав которого пополнили вознесенские монахини. Со второй половины ХVIII в. состав Киевского во имя святых Флора и Лавра женского монастыря увеличивался за счёт поступления в обитель женщин знатного происхождения из Великороссии. Почти одновременно монахинями обители стали княгиня Наталия Долгорукова (в девичестве графиня Шереметева, в постриге Нектария; ум. в 1771 г.) и Татьяна Горчакова (в девичестве княжна Морткина, прапрабабушка Льва Николаевича Толстого, в постриге Афанасия; ум. в 1781 г.). Не позднее 1760 г. в Киевском во имя святых Флора и Лавра женском монастыре приняла постриг преподобная Александра Дивеевская (Мельгунова). После реформы 1786 г. в Киевской епархии осталось четыре женских монастыря, в том числе и Киевский во имя святых Флора и Лавра женский монастырь. По штату флоровским сёстрам полагалось жалованье в 2409 руб. 80 коп. Из прежних земельных владений за монастырём остались около 100 десятин сеножатной земли, мельница в селе Хамбикове и пруд в селе Ходосовка. На рубеже ХVIII и XIX вв. решилась судьба киевских Иоанно-Богословского и Иорданского Николаевского монастырей. Часть монахинь была переведена в Красногорский в честь Покрова Пресвятой Богородицы монастырь Золотоношского уезда. Однако многие, согласно рапорту митрополита Киевского и Галицкого Серапиона (Александровского) от 22 августа 1808 г., остались в Киевском во имя святых Флора и Лавра женском монастыре (Российский государственный исторический архив). С 1808 г. до основания киевского в честь Покрова Пресвятой Богородицы женского монастыря (Княгинина) в 1889 г. Киевский во имя святых Флора и Лавра женский монастырь был единственным действующим в Киеве женским монастырём. Реформа императрицы Екатерины II, в ходе которой сократилось число монастырей, лишила надежды многих сестёр, желавших пострига в Киеве. Дополнительные трудности возникли вследствие пожара 1811 г., уничтожившего кельи насельниц. По сообщению от 12 июля 1811 г. Киевского губернского правления военному губернатору Михаилу Андреевичу Милорадовичу, вследствие пожара погибли схимонахиня, десять штатных монахинь и 12 послушниц. В рапорте 1820 г. игуменьи Смарагды (Норовой) поимённо указаны 25 погибших насельниц (Центральный государственный исторический архив Киева).