В 1945–1946 гг. были проведены восстановительные работы в соборе, в 1968 г. – в Воскресенской церкви. В 1960 г. из Печерской части Киева в Киевский во имя святых Флора и Лавра женский монастырь перевели 58 монахинь закрытого Введенского женского монастыря, после чего общая численность насельниц составила 250 человек. Вернуть прежние границы территории Киевскому во имя святых Флора и Лавра женскому монастырю в послевоенное время не удалось. Богослужения совершались только в Вознесенской церкви. Трапезная церковь была объявлена «незаконно используемой под морг» и решением Подольского райсовета в 1962 г. отобрана у монашеской общины для склада райпищеторга (Государственный архив Киева). В Казанской церкви в конце 1940 гг. разместилась фабрика детской одежды. Контроль над тем, чтобы не увеличивалось количество прихожан и число монашествующих, борьба с «тунеядством», в котором могли обвинить молодых послушниц, институт прописки – всё это заставляло искать новые формы выживания монашеской общины. Изменения во внутримонастырской жизни коснулись самых основ традиционного уклада: многие сёстры не могли постоянно находиться в монастырской ограде, поскольку часто проводились рейды по проверке паспортного режима, а прописку в большинстве своём они получили в пригороде Киева; удлинились ночные богослужения за счёт дневных, которые часто невозможно было проводить (большинство сестёр находились на рабочих местах в советских учреждениях – госпиталях, столовых и т.п.). Постриг также совершался в ночное время; днём сёстры были вынуждены носить мирскую одежду. В советский период в Киевском во имя святых Флора и Лавра женском монастыре, традиционно посещаемом большим количеством паломников и прихожан, из 12 алтарей, находившихся на исторической территории, осталось два освящённых в Вознесенском храме: главный – в честь Вознесения Господня и боковой, на месте престола в честь Собора Божьей Матери, – в честь Казанской иконы Божьей Матери. Последнее переосвящение связано с закрытием большой Казанской церкви. В конце 1980 – 1990 гг. в рамках государственной программы были проведены ремонтно-реставрационные работы в историческом центре монастыря, начался процесс передачи в аренду монашеской общине некоторых сооружений. К началу ХХI в. все церковные и гражданские сооружения, которые представляют собой памятники истории и архитектуры, после заключения арендно-охранных договоров перешли в пользование Киевского во имя святых Флора и Лавра женского монастыря. Ряд бывших корпусов северной части монастыря возвращён в его пользование в аварийном состоянии. Здесь же, в частности на бывшем погосте Казанской церкви, остаются строения советских предприятий, возводившиеся без учёта структуры архитектурного ансамбля. После канонизации инокини Елены (Бехтеевой) на монастырском подворье в селе Гоголев Броварского района Киевской области устроен и освящён алтарь во имя преподобной Елены Флоровской. В сёлах Киевской области два подворья, используемые для хозяйственных нужд монастыря. К 2013 г. на исторической территории Киевского во имя святых Флора и Лавра женского монастыря под руководством игуменьи Антонии (Филькиной) проживали 193 сестры: четыре схимонахини, 141 монахиня, две инокини, 46 послушниц. Святыни: Казанская икона Божьей Матери с частицей мощей св. Георгия Победоносца, иконы великомученицы Варвары, преподобного Иова Почаевского и святителя Феодосия Черниговского также с частицами мощей; в алтаре Вознесенской церкви хранится мощевик с частицами мощей преподобных Печерских и других угодников Божьих; список чудотворной Почаевской иконы Божьей Матери (при входе в монастырь, на восточном фасаде колокольни); мощи преподобной Елены Флоровской в храме Вознесения Господня (обретены 16 августа 2009 г.).